Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
HLA-CQ95604 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
HLA-CQ95604 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
HLA-CQ95604 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
HLA-CQ95604 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
HLA-CQ95604 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
HLA-CQ95604 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
HLA-CQ95604 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
HLA-CQ95604 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
HLA-CQ95604 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
HLA-CQ95604 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
HLA-CQ95604 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
HLA-CQ95604 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
HLA-CQ95604 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
HLA-CQ95604 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
HLA-CQ95604 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
HLA-CQ95604 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
HLA-CQ95604 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
HLA-CQ95604 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
HLA-CQ95604 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
HLA-CQ95604 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
HLA-CQ95604 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
HLA-CQ95604 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
HLA-CQ95604 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
HLA-CQ95604 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
HLA-CQ95604 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
HLA-CQ95604 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
HLA-CQ95604 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
HLA-CQ95604 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
HLA-CQ95604 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
HLA-CQ95604 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
HLA-CQ95604 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
HLA-CQ95604 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
HLA-CQ95604 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
HLA-CQ95604 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC23.64■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC23.63■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC23.61■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC23.6■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
HLA-CQ95604 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.8 ms