Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SHHQ15465 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SHHQ15465 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SHHQ15465 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
SHHQ15465 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHHQ15465 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHHQ15465 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHHQ15465 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHHQ15465 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHHQ15465 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHHQ15465 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHHQ15465 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHHQ15465 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SHHQ15465 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SHHQ15465 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SHHQ15465 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SHHQ15465 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SHHQ15465 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SHHQ15465 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SHHQ15465 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SHHQ15465 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
SHHQ15465 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SHHQ15465 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
SHHQ15465 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SHHQ15465 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SHHQ15465 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SHHQ15465 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SHHQ15465 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
SHHQ15465 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SHHQ15465 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SHHQ15465 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SHHQ15465 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SHHQ15465 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SHHQ15465 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SHHQ15465 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SHHQ15465 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SHHQ15465 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SHHQ15465 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SHHQ15465 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
SHHQ15465 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SHHQ15465 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SHHQ15465 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SHHQ15465 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SHHQ15465 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SHHQ15465 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SHHQ15465 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SHHQ15465 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SHHQ15465 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SHHQ15465 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SHHQ15465 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SHHQ15465 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SHHQ15465 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SHHQ15465 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SHHQ15465 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SHHQ15465 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SHHQ15465 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
SHHQ15465 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SHHQ15465 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SHHQ15465 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
SHHQ15465 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SHHQ15465 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SHHQ15465 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SHHQ15465 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SHHQ15465 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SHHQ15465 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SHHQ15465 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SHHQ15465 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHHQ15465 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHHQ15465 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHHQ15465 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHHQ15465 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHHQ15465 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHHQ15465 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHHQ15465 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHHQ15465 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHHQ15465 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHHQ15465 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SHHQ15465 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SHHQ15465 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SHHQ15465 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SHHQ15465 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SHHQ15465 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SHHQ15465 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SHHQ15465 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHHQ15465 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHHQ15465 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
SHHQ15465 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHHQ15465 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHHQ15465 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHHQ15465 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHHQ15465 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHHQ15465 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHHQ15465 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHHQ15465 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
SHHQ15465 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHHQ15465 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHHQ15465 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHHQ15465 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SHHQ15465 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SHHQ15465 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
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