Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC19.06■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC19.05■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC19.02■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC19■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC19■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC19■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC19■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
HOXA4Q00056 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.2 ms