Protein–RNA interactions for Protein: P02462

COL4A1, Collagen alpha-1(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A1P02462 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC27.9■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC27.9■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC27.89■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
COL4A1P02462 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC27.86■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC27.86■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC27.86■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC27.86■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC27.85■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC27.83■■■□□ 2.05
COL4A1P02462 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL4A1P02462 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
COL4A1P02462 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL4A1P02462 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
COL4A1P02462 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL4A1P02462 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL4A1P02462 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL4A1P02462 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL4A1P02462 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC27.82■■■□□ 2.04
COL4A1P02462 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL4A1P02462 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC27.81■■■□□ 2.04
COL4A1P02462 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC27.81■■■□□ 2.04
COL4A1P02462 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL4A1P02462 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL4A1P02462 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL4A1P02462 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL4A1P02462 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL4A1P02462 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
COL4A1P02462 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.4 ms