Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 AL078624.1-201ENST00000604004 547 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 AL499606.1-201ENST00000627866 413 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 COG6-212ENST00000630730 186 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 AC008993.3-201ENST00000633603 631 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 COL4A3BP-204ENST00000405807 2843 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CUX1P39880 PSMC3IP-201ENST00000253789 1408 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CUX1P39880 TAF6-201ENST00000344095 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CUX1P39880 VAPB-202ENST00000395802 1834 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CUX1P39880 TLNRD1-201ENST00000267984 4845 ntAPPRIS P1 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CUX1P39880 HSPA12B-201ENST00000254963 3151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CUX1P39880 ACE-201ENST00000290863 2479 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CUX1P39880 AL359878.1-201ENST00000381466 1886 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CUX1P39880 MYL3-201ENST00000292327 924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CUX1P39880 CA5BP1-205ENST00000435806 1064 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
CUX1P39880 AC114939.1-201ENST00000520980 514 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CUX1P39880 CCDC42-202ENST00000539522 1087 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CUX1P39880 MT1X-202ENST00000562939 538 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CUX1P39880 AC142381.4-201ENST00000566806 702 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CUX1P39880 AC026461.1-201ENST00000567563 551 ntTSL 4 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CUX1P39880 AC142086.5-201ENST00000567619 702 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CUX1P39880 SDCBP2-AS1-201ENST00000446423 1811 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CUX1P39880 TRIML2-207ENST00000512729 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CUX1P39880 GLB1L-202ENST00000392089 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CUX1P39880 AC093627.4-201ENST00000484550 5008 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CUX1P39880 REPIN1-201ENST00000397281 3292 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CUX1P39880 FES-202ENST00000394300 2302 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CUX1P39880 TFRC-202ENST00000392396 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CUX1P39880 CCDC138-203ENST00000412964 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CUX1P39880 BIRC2-214ENST00000621637 3331 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CUX1P39880 GPER1-201ENST00000297469 2778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CUX1P39880 KLF11-201ENST00000305883 4030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CUX1P39880 AC007389.3-201ENST00000420724 1656 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CUX1P39880 UROC1-202ENST00000383579 2735 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CUX1P39880 MAPK8IP3-202ENST00000356010 4456 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CUX1P39880 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CUX1P39880 MARCKSL1P2-201ENST00000401037 976 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
CUX1P39880 FAM126A-201ENST00000409763 616 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CUX1P39880 AL357079.1-203ENST00000412378 494 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CUX1P39880 GLT8D2-204ENST00000547583 862 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CUX1P39880 RPGRIP1-210ENST00000556336 2955 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CUX1P39880 LIMD2-210ENST00000582055 509 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CUX1P39880 AL353581.1-201ENST00000606916 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CUX1P39880 C19orf54-201ENST00000378313 2753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CUX1P39880 PLEKHG5-201ENST00000340850 4715 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CUX1P39880 MARVELD2-203ENST00000436532 1563 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CUX1P39880 PLEKHG5-211ENST00000535355 4725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CUX1P39880 QSOX2-201ENST00000358701 4530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CUX1P39880 APBB1-203ENST00000389906 2684 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CUX1P39880 ATP6V0A1-206ENST00000585525 2679 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CUX1P39880 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CUX1P39880 SPAST-203ENST00000615843 5212 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CUX1P39880 VIPAS39-202ENST00000343765 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CUX1P39880 AP000787.1-205ENST00000536683 1485 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CUX1P39880 KCNC3-202ENST00000474951 3347 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CUX1P39880 TNNI1-201ENST00000336092 1750 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CUX1P39880 MCUR1-201ENST00000379170 5471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CUX1P39880 PCNP-201ENST00000265260 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CUX1P39880 AL031577.1-201ENST00000339867 399 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
CUX1P39880 CA6-201ENST00000377436 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CUX1P39880 CA6-202ENST00000377442 747 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CUX1P39880 PHACTR1-203ENST00000379335 943 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CUX1P39880 AP000959.1-201ENST00000441759 977 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CUX1P39880 TBRG4-215ENST00000494076 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CUX1P39880 EFNA5-204ENST00000509503 637 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CUX1P39880 AC117834.1-201ENST00000523197 602 ntTSL 4 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CUX1P39880 MIEF2-206ENST00000578174 589 ntTSL 4 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CUX1P39880 ALDH3A2-221ENST00000581518 2785 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CUX1P39880 AC136475.7-201ENST00000602949 592 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
CUX1P39880 ZMIZ1-AS1-203ENST00000456353 2878 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CUX1P39880 MST1P2-201ENST00000457982 2291 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
CUX1P39880 KDF1-202ENST00000616918 1651 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CUX1P39880 ZNF362-205ENST00000539719 3106 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CUX1P39880 RNF214-201ENST00000300650 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CUX1P39880 C17orf80-203ENST00000359042 3645 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CUX1P39880 MAP3K9-201ENST00000381250 4025 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CUX1P39880 LINC00163-201ENST00000434081 2155 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CUX1P39880 TMEM200A-204ENST00000617887 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CUX1P39880 DCDC2B-201ENST00000409358 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CUX1P39880 AC008038.1-201ENST00000634247 1314 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
CUX1P39880 MAPK7-202ENST00000308406 3149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CUX1P39880 PLIN1-201ENST00000300055 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CUX1P39880 SERPINA13P-201ENST00000469935 1718 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CUX1P39880 UAP1L1-202ENST00000409858 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CUX1P39880 SLMAP-201ENST00000295951 5433 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CUX1P39880 WASF1-207ENST00000392589 3220 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CUX1P39880 BAK1-202ENST00000374467 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CUX1P39880 LARP4-207ENST00000518561 1578 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CUX1P39880 DACT3-203ENST00000410105 3085 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CUX1P39880 ANKRD42-201ENST00000260047 2514 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CUX1P39880 RIN2-202ENST00000440354 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CUX1P39880 RN7SKP255-201ENST00000363442 313 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
CUX1P39880 RN7SKP203-201ENST00000363618 332 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
CUX1P39880 RN7SKP71-201ENST00000364558 318 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
CUX1P39880 7SK.1-201ENST00000365328 331 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
CUX1P39880 FAM213A-204ENST00000372188 829 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CUX1P39880 CYP4F29P-202ENST00000428301 1279 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CUX1P39880 AC067942.1-202ENST00000471756 1057 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
CUX1P39880 COX14-204ENST00000550654 580 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CUX1P39880 AC010319.2-201ENST00000594663 892 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CUX1P39880 RNF41-202ENST00000394013 2452 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.6 ms