Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 STK25-235ENST00000543554 2556 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CUX1P39880 SPAG1-205ENST00000520508 1796 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CUX1P39880 FAM189B-202ENST00000361361 3082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CUX1P39880 TBC1D2-201ENST00000342112 3046 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CUX1P39880 DRD3-203ENST00000460779 1557 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CUX1P39880 AL139260.2-201ENST00000622355 2171 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CUX1P39880 ZNF143-202ENST00000396597 1954 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CUX1P39880 PIK3IP1-201ENST00000215912 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CUX1P39880 NUMB-216ENST00000555394 3037 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CUX1P39880 PRSS8-201ENST00000317508 1872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CUX1P39880 NOMO2-202ENST00000381474 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CUX1P39880 OTX1-201ENST00000282549 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CUX1P39880 OTX1-202ENST00000366671 2861 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CUX1P39880 OR6S1-201ENST00000320704 996 ntAPPRIS P1 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CUX1P39880 CASP2-203ENST00000392925 616 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CUX1P39880 AC096536.3-201ENST00000415336 575 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CUX1P39880 AC105443.1-201ENST00000433754 712 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
CUX1P39880 BICD1P1-201ENST00000457832 1222 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
CUX1P39880 RN7SL794P-201ENST00000469816 280 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
CUX1P39880 AF186996.6-201ENST00000485294 149 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
CUX1P39880 AC090200.1-201ENST00000522918 590 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CUX1P39880 LINC00643-202ENST00000553426 526 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CUX1P39880 BCL2L2-PABPN1-201ENST00000553781 1241 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CUX1P39880 GMFG-206ENST00000597595 758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CUX1P39880 AP001043.1-206ENST00000613045 730 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CUX1P39880 MED26-201ENST00000263390 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CUX1P39880 GAS2L2-203ENST00000618498 2655 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CUX1P39880 DAXX-201ENST00000266000 2606 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CUX1P39880 TLK2-201ENST00000326270 3512 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CUX1P39880 LINC02486-201ENST00000604157 3000 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
CUX1P39880 WDR81-206ENST00000446363 2968 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CUX1P39880 TRA2B-205ENST00000453386 2952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CUX1P39880 CSK-210ENST00000567571 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CUX1P39880 AAR2-203ENST00000397286 1466 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CUX1P39880 NRROS-201ENST00000328557 2564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CUX1P39880 RPL4P6-201ENST00000438116 1304 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
CUX1P39880 LINC00637-201ENST00000556586 2056 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CUX1P39880 SLC39A1-201ENST00000310483 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CUX1P39880 KIAA1257-204ENST00000511438 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CUX1P39880 INO80C-202ENST00000334598 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CUX1P39880 IGHV3-43-201ENST00000434710 434 ntAPPRIS P1 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CUX1P39880 HOXB-AS3-209ENST00000477144 743 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CUX1P39880 AL139099.3-201ENST00000556657 401 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CUX1P39880 AC022098.2-201ENST00000590528 518 ntTSL 4 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CUX1P39880 AC002985.1-201ENST00000596918 685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CUX1P39880 URGCP-MRPS24-201ENST00000603700 795 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CUX1P39880 ADORA3-204ENST00000632535 1201 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CUX1P39880 ARHGEF1-219ENST00000599846 3393 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CUX1P39880 ATF4P4-201ENST00000393544 1930 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
CUX1P39880 PTK7-202ENST00000230419 4272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CUX1P39880 INHBB-201ENST00000295228 3204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CUX1P39880 TCAM1P-207ENST00000485295 1537 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
CUX1P39880 SPOPL-201ENST00000280098 6025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CUX1P39880 DBET-201ENST00000630918 3363 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
CUX1P39880 PHKA2-201ENST00000379942 5559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CUX1P39880 ADAMTS19-201ENST00000274487 5234 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CUX1P39880 CDH16-204ENST00000565796 2694 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CUX1P39880 MYH14-208ENST00000598205 6137 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CUX1P39880 THEMIS2-201ENST00000328928 2337 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CUX1P39880 SASH3-201ENST00000356892 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CUX1P39880 AC026786.1-201ENST00000540096 1374 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CUX1P39880 SLC22A12-202ENST00000377567 2599 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CUX1P39880 CCT7-201ENST00000258091 1916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CUX1P39880 AC026271.1-201ENST00000447794 1348 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
CUX1P39880 MYADML2-201ENST00000409745 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CUX1P39880 SNORA30.1-201ENST00000363193 129 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 TCEAL5-201ENST00000372680 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 AL357033.2-201ENST00000430184 739 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 HMGA1P2-201ENST00000430198 324 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 RAB34-211ENST00000450529 1184 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 TRBV11-2-201ENST00000471935 408 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 RN7SL838P-201ENST00000481676 295 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 AP001107.9-202ENST00000531602 613 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 PEX11A-204ENST00000561224 529 ntTSL 4 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 RBMX-209ENST00000565438 1292 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 RN7SL300P-201ENST00000582522 318 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 AC136475.1-203ENST00000602756 1034 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 Metazoa_SRP.141-201ENST00000615072 282 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 TRPC5OS-203ENST00000635763 955 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 SCRIB-201ENST00000320476 5143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 PVR-202ENST00000344956 3166 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 LMNB2-201ENST00000325327 4671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 PIGB-202ENST00000539642 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 DLX4-206ENST00000611342 1662 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 CHN2-201ENST00000222792 3530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 CPA1-207ENST00000484324 1303 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 TNRC18P2-201ENST00000417666 2714 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 ZDHHC20-209ENST00000542645 5315 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 PEX5L-211ENST00000472994 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 LXN-201ENST00000264265 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 MANEA-202ENST00000369293 1076 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 LINC00388-201ENST00000412714 663 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 ASLP1-201ENST00000428790 637 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 CXXC1P1-202ENST00000489409 1212 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 ALDOAP1-201ENST00000491506 1078 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 TBX5-AS1-202ENST00000531024 766 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 EEF1AKMT3-203ENST00000548256 561 ntTSL 4 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 MYL6-215ENST00000549566 685 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CUX1P39880 BOLA3P2-201ENST00000586496 323 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.3 ms