Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 VRK3-201ENST00000316763 1938 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIG1P18858 NBAT1-201ENST00000566912 1940 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIG1P18858 STC1-202ENST00000524323 1748 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIG1P18858 THEMIS2-201ENST00000328928 2337 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIG1P18858 C16orf82-201ENST00000418886 2268 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIG1P18858 COL4A2-AS2-201ENST00000458403 1522 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 TSN-212ENST00000536142 3328 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 TRIM25-201ENST00000316881 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 CCDC121-202ENST00000394775 1472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 TNFRSF11A-205ENST00000616710 3809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 CCT2-201ENST00000299300 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 SERPINA4-203ENST00000557004 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 MPP1-204ENST00000393531 1389 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 PSMC3-209ENST00000530912 1390 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 TMEM47-201ENST00000275954 4054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 CFAP43-201ENST00000278064 2963 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 CPPED1-201ENST00000261660 1898 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 VWF-201ENST00000261405 8838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 LIMS1-215ENST00000544547 4461 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 KRT17P5-203ENST00000445433 2333 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 MTHFSD-202ENST00000381214 1210 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 C15orf48-202ENST00000396650 732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 RBAK-RBAKDN-201ENST00000396904 766 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 RBAK-RBAKDN-202ENST00000407184 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 AC004945.1-201ENST00000416738 983 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 Z82214.2-201ENST00000420269 531 ntTSL 4 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 SAP30L-202ENST00000426761 777 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 TMEM225B-203ENST00000453227 1041 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 KLC4-205ENST00000458460 1251 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 GLYCTK-203ENST00000461183 889 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 ASF1B-202ENST00000474890 765 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 PFN2-215ENST00000497148 743 ntTSL 4 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 COX5BP1-201ENST00000507622 393 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 AC012574.2-201ENST00000520375 443 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 AC090099.4-201ENST00000527671 1027 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 AC138123.2-203ENST00000552451 653 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 KLK3-207ENST00000595952 969 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 AC011510.1-201ENST00000598541 286 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 AC008687.7-202ENST00000637404 953 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 NLRX1-201ENST00000292199 3744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 UBE3A-209ENST00000625778 3217 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 PLIN4-202ENST00000633942 6484 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 NOS2P2-202ENST00000639528 1659 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 AC135782.3-201ENST00000562782 2105 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 TFEB-205ENST00000394283 2595 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 AXL-203ENST00000593513 2557 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 TBC1D3E-201ENST00000621587 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 ELAVL4-207ENST00000448907 1951 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 PGA5-201ENST00000312403 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 FGD6-203ENST00000546711 4568 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 CAMK2B-217ENST00000457475 4142 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 RNF170-209ENST00000534961 4116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
LIG1P18858 BSDC1-203ENST00000419121 1473 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIG1P18858 RAVER1-206ENST00000611074 3586 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIG1P18858 RREB1-210ENST00000611109 3563 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIG1P18858 ZNF821-214ENST00000565601 1858 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIG1P18858 EVA1A-202ENST00000393913 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIG1P18858 UGGT2-201ENST00000376712 2240 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIG1P18858 PPM1A-203ENST00000395076 8184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIG1P18858 LRIF1-202ENST00000485275 1796 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIG1P18858 EHMT2-204ENST00000395728 4129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIG1P18858 PRG2-202ENST00000525955 1367 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIG1P18858 C7orf65-201ENST00000408988 2911 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIG1P18858 CBFA2T3-202ENST00000327483 4033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIG1P18858 CACNA1C-211ENST00000399617 7482 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIG1P18858 ANKRD20A19P-202ENST00000442969 2796 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIG1P18858 SCML4-203ENST00000369022 2377 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIG1P18858 SNX21-203ENST00000372541 771 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIG1P18858 SNRPC-202ENST00000374017 1054 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIG1P18858 AC106820.3-201ENST00000561653 397 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
LIG1P18858 RN7SL219P-201ENST00000582872 296 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
LIG1P18858 PDE2A-206ENST00000444035 4193 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIG1P18858 ANKRD30BP2-201ENST00000435744 1610 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
LIG1P18858 TBC1D22A-201ENST00000337137 3787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIG1P18858 CCDC51-201ENST00000395694 1560 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIG1P18858 DEF8-219ENST00000567874 1554 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIG1P18858 C8orf31-201ENST00000395172 1875 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIG1P18858 SLC6A6P1-201ENST00000413933 1850 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
LIG1P18858 ADAM17-204ENST00000618923 1881 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIG1P18858 GID4-201ENST00000268719 4237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIG1P18858 TUBGCP3-201ENST00000261965 3899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIG1P18858 C22orf34-204ENST00000414287 2197 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIG1P18858 ZSCAN16-AS1-201ENST00000600652 2163 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIG1P18858 SLC4A7-213ENST00000454389 4159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIG1P18858 MAGED4B-211ENST00000497164 2482 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIG1P18858 CARD10-203ENST00000406271 3127 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIG1P18858 KRT8P4-201ENST00000509735 1454 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
LIG1P18858 HOXA3-201ENST00000317201 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIG1P18858 EPHA5-203ENST00000432638 3662 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
LIG1P18858 PFKP-203ENST00000381125 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIG1P18858 CRTC1-202ENST00000338797 6929 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIG1P18858 B9D1-209ENST00000477478 1353 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIG1P18858 FANCA-213ENST00000563673 1694 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIG1P18858 CSRP1-201ENST00000340006 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIG1P18858 ADORA2A-AS1-201ENST00000326341 2557 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIG1P18858 MX1-202ENST00000398598 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIG1P18858 KDM6B-201ENST00000254846 6713 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIG1P18858 ITGB2-208ENST00000397857 2813 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIG1P18858 AP000552.1-203ENST00000416615 1930 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
LIG1P18858 ARHGEF10-207ENST00000520359 5472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.1 ms