Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY93

DDX56, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX56, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX56Q9NY93 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC23.53■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
DDX56Q9NY93 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC23.5■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC23.49■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC23.47■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC23.47■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC23.47■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
DDX56Q9NY93 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
DDX56Q9NY93 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC23.45■■□□□ 1.34
DDX56Q9NY93 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
DDX56Q9NY93 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
DDX56Q9NY93 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
DDX56Q9NY93 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
DDX56Q9NY93 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
DDX56Q9NY93 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
DDX56Q9NY93 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
DDX56Q9NY93 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
DDX56Q9NY93 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
DDX56Q9NY93 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
DDX56Q9NY93 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
DDX56Q9NY93 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
DDX56Q9NY93 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
DDX56Q9NY93 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
DDX56Q9NY93 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
DDX56Q9NY93 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
DDX56Q9NY93 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
DDX56Q9NY93 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
DDX56Q9NY93 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
DDX56Q9NY93 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
DDX56Q9NY93 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
DDX56Q9NY93 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
DDX56Q9NY93 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
DDX56Q9NY93 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
DDX56Q9NY93 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.5 ms