Protein–RNA interactions for Protein: Q9NRJ3

CCL28, C-C motif chemokine 28, humanhuman

Predictions only

Length 127 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCL28Q9NRJ3 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC18.66■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC18.66■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC18.65■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC18.65■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
CCL28Q9NRJ3 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC18.62■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCL28Q9NRJ3 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.7 ms