Protein–RNA interactions for Protein: Q9H9Y2

RPF1, Ribosome production factor 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 349 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPF1Q9H9Y2 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC24.5■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC24.49■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC24.41■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
RPF1Q9H9Y2 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27 ms