Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

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Length 1,073 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
USP53Q70EK8 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP53Q70EK8 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC21.83■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC21.83■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP53Q70EK8 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
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