Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC34.45■■■■□ 3.11
TCOF1Q13428 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.45■■■■□ 3.11
TCOF1Q13428 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.45■■■■□ 3.11
TCOF1Q13428 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.45■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.45■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC34.45■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC34.45■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC34.44■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.43■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.43■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC34.43■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC34.43■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC34.43■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC34.43■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC34.42■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC34.42■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC34.41■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC34.41■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC34.41■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC34.41■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.41■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.41■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.41■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.4■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC34.4■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC34.4■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC34.4■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC34.4■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.4■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.4■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC34.4■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC34.39■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC34.39■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC34.39■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.39■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.39■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC34.39■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.39■■■■□ 3.1
TCOF1Q13428 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.38■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.38■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC34.38■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC34.38■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC34.38■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC34.38■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC34.37■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC34.37■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.37■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC34.37■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC34.36■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC34.36■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.36■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC34.36■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC34.36■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.36■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC34.35■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC34.35■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC34.35■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC34.35■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC34.35■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.35■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC34.35■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC34.35■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.34■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC34.34■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC34.34■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.34■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC34.34■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC34.33■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC34.32■■■■□ 3.09
TCOF1Q13428 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC34.32■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC34.32■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC34.32■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC34.31■■■■□ 3.08
TCOF1Q13428 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.2 ms