Protein–RNA interactions for Protein: Q01081

U2AF1, Splicing factor U2AF 35 kDa subunit, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 240 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
U2AF1Q01081 SH3BP1-203ENST00000451997 3123 ntTSL 215.98■□□□□ 0.154e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 ATP13A1-211ENST00000492774 482 ntTSL 415.44■□□□□ 0.064e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 CBL-201ENST00000264033 11231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.044e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 PANK2-206ENST00000497424 4815 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.024e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 DDB2-211ENST00000616278 960 ntTSL 215.16■□□□□ 0.023e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 DDB2-202ENST00000378600 717 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.023e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 DDB2-204ENST00000378603 1092 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.023e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 CBL-203ENST00000634586 3457 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.98□□□□□ -0.014e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 NUP58-202ENST00000381736 4332 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.81□□□□□ -0.044e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 ZNF189-203ENST00000374861 3134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.041e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 SFT2D1-203ENST00000479490 2061 ntTSL 1 (best)14.63□□□□□ -0.074e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 ATP13A1-203ENST00000455627 554 ntTSL 414.56□□□□□ -0.084e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 ATP13A1-201ENST00000291503 3483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.134e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 CLASP2-209ENST00000468888 6978 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.2□□□□□ -0.144e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 ACADVL-216ENST00000578824 720 ntTSL 214.14□□□□□ -0.154e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 HERC2P9-203ENST00000528584 2947 ntTSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.174e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 FAM13A-210ENST00000507352 1306 ntTSL 1 (best)13.11□□□□□ -0.314e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 FAM13A-212ENST00000508369 3169 ntTSL 5 BASIC12.93□□□□□ -0.344e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 FAM13A-220ENST00000513837 2590 ntTSL 2 BASIC12.81□□□□□ -0.364e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 ACADVL-230ENST00000582379 833 ntTSL 312.54□□□□□ -0.41e-11■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 FAM13A-221ENST00000515155 576 ntTSL 412.41□□□□□ -0.424e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 FAM13A-207ENST00000504836 2287 ntTSL 212.15□□□□□ -0.464e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 PRSS21-209ENST00000575739 378 ntTSL 311.96□□□□□ -0.494e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 SLC35F5-209ENST00000469702 784 ntTSL 311.67□□□□□ -0.544e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 FAM13A-202ENST00000395002 4945 ntTSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.634e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 ZNF189-204ENST00000615466 2316 ntTSL 3 BASIC11.01□□□□□ -0.651e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 FAM13A-201ENST00000264344 5858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC10.72□□□□□ -0.694e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 FAM13A-205ENST00000503556 3386 ntTSL 1 (best) BASIC10.69□□□□□ -0.74e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 DDB2-214ENST00000620515 347 ntTSL 310.28□□□□□ -0.763e-10■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 FAM13A-216ENST00000511573 3442 ntTSL 210.04□□□□□ -0.84e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 ADGRV1-231ENST00000640374 5401 ntTSL 59.71□□□□□ -0.854e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 DDB2-206ENST00000612309 3101 ntTSL 29.71□□□□□ -0.863e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 ZNF189-202ENST00000339664 3021 ntTSL 1 (best) BASIC9.62□□□□□ -0.871e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 FAM13A-218ENST00000511976 3579 ntTSL 1 (best) BASIC9.48□□□□□ -0.894e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 ADGRV1-236ENST00000640779 4680 ntTSL 58.81□□□□□ -14e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 ADGRV1-224ENST00000640012 3241 ntTSL 58.59□□□□□ -1.034e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 HOXB3-209ENST00000478644 398 ntTSL 48.28□□□□□ -1.084e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 ADGRV1-218ENST00000639473 6608 ntTSL 57.93□□□□□ -1.144e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 SLC35F5-213ENST00000638402 1554 ntTSL 5 BASIC7.8□□□□□ -1.164e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 NUP58-210ENST00000477876 560 ntTSL 57.52□□□□□ -1.214e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 SLC35F5-206ENST00000459683 744 ntTSL 27.27□□□□□ -1.254e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 ZNF189-201ENST00000259395 3115 ntTSL 1 (best) BASIC7.21□□□□□ -1.261e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 ACADVL-213ENST00000578579 458 ntTSL 36.99□□□□□ -1.294e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 CLASP2-206ENST00000462878 892 ntTSL 56.85□□□□□ -1.314e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 ADGRV1-217ENST00000639431 611 ntTSL 56.27□□□□□ -1.414e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 SLC35F5-210ENST00000470204 523 ntTSL 55.94□□□□□ -1.464e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 SLC35F5-205ENST00000447673 725 ntTSL 35.84□□□□□ -1.474e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 ADGRV1-232ENST00000640403 6723 ntTSL 54.75□□□□□ -1.654e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 SLC35F5-208ENST00000469314 628 ntTSL 34.59□□□□□ -1.674e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 ADGRV1-201ENST00000405460 19557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.08□□□□□ -1.764e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 GNAI3-201ENST00000369851 27174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.8□□□□□ -1.84e-6■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 AC097478.1-206ENST00000513572 2010 ntTSL 3 BASIC12.48□□□□□ -0.412e-24■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 AC097478.1-207ENST00000612706 2422 ntTSL 5 BASIC9.68□□□□□ -0.862e-24■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 AC097478.1-205ENST00000507916 602 ntTSL 38.08□□□□□ -1.122e-24■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 AC097478.1-201ENST00000506864 560 ntTSL 45.91□□□□□ -1.462e-24■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 AC097478.1-202ENST00000508021 567 ntTSL 4 BASIC5.79□□□□□ -1.482e-24■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC37.5■■■■□ 3.592e-9■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 NFKBIA-207ENST00000557100 825 ntTSL 323.8■■□□□ 1.42e-9■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 NFKBIA-201ENST00000216797 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.232e-9■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 NFKBIA-203ENST00000554001 1396 ntTSL 519.76■□□□□ 0.752e-9■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 NFKBIA-208ENST00000557140 1400 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.182e-9■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 NFKBIA-206ENST00000556664 381 ntTSL 215.27■□□□□ 0.042e-9■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 NFKBIA-204ENST00000555371 690 ntTSL 313.93□□□□□ -0.182e-9■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 PRSS53-201ENST00000280606 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.389e-7■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 AC135050.2-201ENST00000533518 2362 ntTSL 1 (best)20.22■□□□□ 0.839e-7■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 PRSS53-202ENST00000486499 5489 ntTSL 219.13■□□□□ 0.659e-7■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 SLC26A6-213ENST00000455886 2460 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.465e-7■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 SLC26A6-202ENST00000337000 2317 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.45e-7■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 SLC26A6-201ENST00000307364 2586 ntTSL 1 (best)16.89■□□□□ 0.295e-7■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 SLC26A6-204ENST00000383733 2545 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.235e-7■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 SLC26A6-207ENST00000420764 2630 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.225e-7■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 SLC26A6-205ENST00000395550 2589 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.25e-7■■■■□ 20.8
U2AF1Q01081 SAT1-203ENST00000379254 868 ntTSL 3 BASIC18.79■□□□□ 0.61e-11■■■■□ 20.7
U2AF1Q01081 SAT1-204ENST00000379270 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.61e-11■■■■□ 20.7
U2AF1Q01081 SAT1-209ENST00000489394 1135 ntTSL 214.9□□□□□ -0.021e-11■■■■□ 20.7
U2AF1Q01081 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.66■■□□□ 1.866e-15■■■■□ 20.7
U2AF1Q01081 H3F3A-203ENST00000366815 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.036e-15■■■■□ 20.7
U2AF1Q01081 H3F3A-201ENST00000366813 1308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.12□□□□□ -0.956e-15■■■■□ 20.7
U2AF1Q01081 NXF1-212ENST00000531872 390 ntTSL 510.38□□□□□ -0.756e-8■■■■□ 20.7
U2AF1Q01081 GABRE-201ENST00000370328 3152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.37□□□□□ -0.754e-7■■■■□ 20.7
U2AF1Q01081 KMT2C-208ENST00000473186 12854 ntTSL 1 (best)5.23□□□□□ -1.572e-6■■■■□ 20.7
U2AF1Q01081 LIN28B-202ENST00000635857 912 ntTSL 522.76■■□□□ 1.232e-6■■■■□ 20.6
U2AF1Q01081 TBC1D8-204ENST00000463469 561 ntTSL 420.8■□□□□ 0.922e-6■■■■□ 20.6
U2AF1Q01081 LIN28B-203ENST00000637759 2635 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.372e-6■■■■□ 20.6
U2AF1Q01081 LIN28B-201ENST00000345080 5505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.1□□□□□ -0.952e-6■■■■□ 20.6
U2AF1Q01081 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.888e-7■■■■□ 20.6
U2AF1Q01081 ITIH3-204ENST00000464804 543 ntTSL 422.22■■□□□ 1.153e-6■■■■□ 20.5
U2AF1Q01081 MTHFD1L-211ENST00000611279 3475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.063e-7■■■■□ 20.5
U2AF1Q01081 MTHFD1L-203ENST00000367321 3604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.913e-7■■■■□ 20.5
U2AF1Q01081 MTHFD1L-212ENST00000618312 3159 ntTSL 5 BASIC10.63□□□□□ -0.713e-7■■■■□ 20.5
U2AF1Q01081 PELP1-205ENST00000570823 484 ntTSL 430.37■■■□□ 2.452e-6■■■■□ 20.5
U2AF1Q01081 PELP1-207ENST00000571347 708 ntTSL 228■■■□□ 2.072e-6■■■■□ 20.5
U2AF1Q01081 MMP24-AS1-204ENST00000438751 670 ntTSL 323.01■■□□□ 1.272e-6■■■■□ 20.5
U2AF1Q01081 MMP24-AS1-209ENST00000456790 712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.272e-6■■■■□ 20.5
U2AF1Q01081 MMP24-AS1-201ENST00000424358 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.272e-6■■■■□ 20.5
U2AF1Q01081 MMP24-AS1-208ENST00000456350 634 ntTSL 422.51■■□□□ 1.192e-6■■■■□ 20.5
U2AF1Q01081 MMP24-AS1-202ENST00000433764 569 ntTSL 422.49■■□□□ 1.192e-6■■■■□ 20.5
U2AF1Q01081 MMP24-AS1-206ENST00000454184 547 ntTSL 422.2■■□□□ 1.142e-6■■■■□ 20.5
U2AF1Q01081 AL121753.1-201ENST00000444717 529 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.042e-6■■■■□ 20.5
U2AF1Q01081 MMP24-AS1-210ENST00000566203 915 ntTSL 421.19■□□□□ 0.982e-6■■■■□ 20.5
Retrieved 100 of 10,096 protein–RNA pairs in 52.9 ms