Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC19.15■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
HOXA4Q00056 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC19.08■□□□□ 0.65
HOXA4Q00056 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
HOXA4Q00056 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.4 ms