Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIG3P49916 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIG3P49916 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIG3P49916 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIG3P49916 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIG3P49916 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIG3P49916 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIG3P49916 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIG3P49916 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIG3P49916 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIG3P49916 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIG3P49916 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIG3P49916 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIG3P49916 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIG3P49916 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
LIG3P49916 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIG3P49916 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIG3P49916 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIG3P49916 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIG3P49916 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIG3P49916 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIG3P49916 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIG3P49916 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIG3P49916 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIG3P49916 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIG3P49916 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
LIG3P49916 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIG3P49916 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIG3P49916 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIG3P49916 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIG3P49916 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIG3P49916 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIG3P49916 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIG3P49916 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIG3P49916 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIG3P49916 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIG3P49916 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIG3P49916 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIG3P49916 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
LIG3P49916 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIG3P49916 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
LIG3P49916 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
LIG3P49916 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIG3P49916 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIG3P49916 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIG3P49916 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIG3P49916 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIG3P49916 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
LIG3P49916 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIG3P49916 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
LIG3P49916 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIG3P49916 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
LIG3P49916 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIG3P49916 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIG3P49916 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIG3P49916 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIG3P49916 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
LIG3P49916 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIG3P49916 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIG3P49916 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIG3P49916 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIG3P49916 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIG3P49916 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIG3P49916 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIG3P49916 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
LIG3P49916 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIG3P49916 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIG3P49916 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIG3P49916 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIG3P49916 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIG3P49916 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIG3P49916 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIG3P49916 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIG3P49916 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIG3P49916 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIG3P49916 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIG3P49916 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIG3P49916 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIG3P49916 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIG3P49916 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIG3P49916 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIG3P49916 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIG3P49916 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIG3P49916 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIG3P49916 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIG3P49916 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
LIG3P49916 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIG3P49916 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIG3P49916 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIG3P49916 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIG3P49916 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIG3P49916 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIG3P49916 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIG3P49916 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIG3P49916 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
LIG3P49916 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
LIG3P49916 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
LIG3P49916 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
LIG3P49916 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIG3P49916 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26 ms