Protein–RNA interactions for Protein: P49639

HOXA1, Homeobox protein Hox-A1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 335 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA1P49639 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXA1P49639 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXA1P49639 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXA1P49639 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXA1P49639 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXA1P49639 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXA1P49639 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXA1P49639 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXA1P49639 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXA1P49639 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
HOXA1P49639 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
HOXA1P49639 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
HOXA1P49639 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
HOXA1P49639 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
HOXA1P49639 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
HOXA1P49639 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
HOXA1P49639 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
HOXA1P49639 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 QKI-201ENST00000275262 6964 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
HOXA1P49639 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC18.52■□□□□ 0.55
HOXA1P49639 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.7 ms