Protein–RNA interactions for Protein: P43489

TNFRSF4, Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4, humanhuman

Predictions only

Length 277 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFRSF4P43489 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC22.94■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
TNFRSF4P43489 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC22.87■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC22.85■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC22.83■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
TNFRSF4P43489 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TNFRSF4P43489 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.1 ms