Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
MSH2P43246 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
MSH2P43246 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
MSH2P43246 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
MSH2P43246 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
MSH2P43246 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
MSH2P43246 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
MSH2P43246 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
MSH2P43246 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
MSH2P43246 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
MSH2P43246 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
MSH2P43246 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
MSH2P43246 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
MSH2P43246 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
MSH2P43246 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
MSH2P43246 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
MSH2P43246 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
MSH2P43246 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
MSH2P43246 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
MSH2P43246 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
MSH2P43246 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
MSH2P43246 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
MSH2P43246 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
MSH2P43246 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
MSH2P43246 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
MSH2P43246 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
MSH2P43246 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
MSH2P43246 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
MSH2P43246 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
MSH2P43246 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
MSH2P43246 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
MSH2P43246 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
MSH2P43246 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
MSH2P43246 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
MSH2P43246 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
MSH2P43246 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
MSH2P43246 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
MSH2P43246 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
MSH2P43246 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
MSH2P43246 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
MSH2P43246 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
MSH2P43246 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
MSH2P43246 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
MSH2P43246 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
MSH2P43246 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
MSH2P43246 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
MSH2P43246 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
MSH2P43246 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
MSH2P43246 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
MSH2P43246 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
MSH2P43246 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
MSH2P43246 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
MSH2P43246 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
MSH2P43246 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
MSH2P43246 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
MSH2P43246 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
MSH2P43246 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
MSH2P43246 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
MSH2P43246 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
MSH2P43246 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
MSH2P43246 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
MSH2P43246 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
MSH2P43246 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
MSH2P43246 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
MSH2P43246 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
MSH2P43246 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
MSH2P43246 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC22.83■■□□□ 1.25
MSH2P43246 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
MSH2P43246 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
MSH2P43246 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
MSH2P43246 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
MSH2P43246 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
MSH2P43246 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC22.83■■□□□ 1.24
MSH2P43246 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
MSH2P43246 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.24
MSH2P43246 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
MSH2P43246 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
MSH2P43246 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
MSH2P43246 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
MSH2P43246 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
MSH2P43246 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
MSH2P43246 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
MSH2P43246 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
MSH2P43246 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
MSH2P43246 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
MSH2P43246 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
MSH2P43246 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
MSH2P43246 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
MSH2P43246 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
MSH2P43246 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
MSH2P43246 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
MSH2P43246 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
MSH2P43246 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
MSH2P43246 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
MSH2P43246 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
MSH2P43246 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
MSH2P43246 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
MSH2P43246 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
MSH2P43246 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
MSH2P43246 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.3 ms