Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CUX1P39880 SGK3-208ENST00000521198 3306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CUX1P39880 TMEM60-201ENST00000257663 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CUX1P39880 OR2W3-201ENST00000360358 945 ntAPPRIS P1 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CUX1P39880 PYM1-203ENST00000408946 1226 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CUX1P39880 MED15P3-201ENST00000413613 326 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
CUX1P39880 LINC01885-201ENST00000414300 609 ntTSL 4 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CUX1P39880 FAM197Y6-201ENST00000420524 766 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
CUX1P39880 AC023051.2-201ENST00000541141 460 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
CUX1P39880 AC009065.4-201ENST00000563734 543 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CUX1P39880 AP003071.1-201ENST00000567925 622 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CUX1P39880 RN7SL480P-201ENST00000581481 294 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
CUX1P39880 CSAG3-201ENST00000599845 844 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CUX1P39880 CSAG2-203ENST00000638741 844 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CUX1P39880 PRKACB-205ENST00000370688 1905 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CUX1P39880 CNN3-207ENST00000545882 1902 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CUX1P39880 LINGO1-201ENST00000355300 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CUX1P39880 GGT5-202ENST00000327365 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CUX1P39880 AP3M2-201ENST00000174653 3661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CUX1P39880 FAM124B-201ENST00000243806 2030 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CUX1P39880 CD68-201ENST00000250092 1878 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CUX1P39880 HLF-202ENST00000430986 1385 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CUX1P39880 PLAGL1-208ENST00000437412 2640 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CUX1P39880 TUBAL3-201ENST00000380419 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CUX1P39880 TRAPPC4-214ENST00000533632 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CUX1P39880 CRYBG2-210ENST00000527815 2523 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CUX1P39880 PLA2G6-210ENST00000435484 612 ntTSL 4 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CUX1P39880 AC019118.1-201ENST00000454530 435 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CUX1P39880 AC007679.1-201ENST00000458609 502 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
CUX1P39880 AP003043.1-201ENST00000527804 547 ntTSL 4 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CUX1P39880 RN7SL440P-201ENST00000577855 343 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
CUX1P39880 SNX20-205ENST00000610485 557 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CUX1P39880 AL353658.2-201ENST00000629794 519 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CUX1P39880 CLEC10A-206ENST00000576617 1800 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CUX1P39880 PHF2-203ENST00000610682 2921 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CUX1P39880 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CUX1P39880 RAI2-206ENST00000545871 2421 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CUX1P39880 C9orf3-202ENST00000297979 2820 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CUX1P39880 POLR2E-211ENST00000612655 1749 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CUX1P39880 TP63-206ENST00000392463 1386 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CUX1P39880 LINC02433-202ENST00000507108 1395 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CUX1P39880 PGAP2-204ENST00000396991 1798 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CUX1P39880 NRXN1-208ENST00000405472 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CUX1P39880 CICP16-201ENST00000502609 2813 ntBASIC23.08■■□□□ 1.28
CUX1P39880 MINPP1-202ENST00000371996 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
CUX1P39880 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
CUX1P39880 UBL7-206ENST00000565335 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
CUX1P39880 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
CUX1P39880 SLC43A2-204ENST00000571650 3261 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
CUX1P39880 CHEK2-201ENST00000328354 1867 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
CUX1P39880 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
CUX1P39880 HORMAD1-202ENST00000361824 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
CUX1P39880 ARCN1-204ENST00000534182 1669 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
CUX1P39880 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
CUX1P39880 CIDEC-205ENST00000443115 443 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
CUX1P39880 AC004893.2-203ENST00000482799 796 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.28
CUX1P39880 AP000439.2-201ENST00000542064 726 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
CUX1P39880 AC099524.1-203ENST00000565272 756 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
CUX1P39880 NAA38-204ENST00000575208 529 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.28
CUX1P39880 AC095350.1-204ENST00000585405 616 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
CUX1P39880 LINC02081-201ENST00000586185 877 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.28
CUX1P39880 ITGB2-AS1-204ENST00000609592 482 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
CUX1P39880 AL513478.2-202ENST00000621949 835 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.28
CUX1P39880 LINC02498-201ENST00000635390 1065 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
CUX1P39880 GRID2IP-201ENST00000435185 3215 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CUX1P39880 CHMP5-202ENST00000419016 1957 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CUX1P39880 BRF1-203ENST00000379937 3314 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CUX1P39880 SIGLEC7-202ENST00000317643 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CUX1P39880 AC008741.2-201ENST00000612792 3115 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
CUX1P39880 MBD4-201ENST00000249910 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CUX1P39880 RAPGEFL1-202ENST00000456989 1582 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CUX1P39880 TRPC1-201ENST00000273482 4324 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CUX1P39880 WDR25-204ENST00000554175 2055 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CUX1P39880 MBP-202ENST00000355994 2772 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CUX1P39880 SCYL1-214ENST00000533862 2570 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CUX1P39880 SAA1-202ENST00000405158 675 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CUX1P39880 Z95624.1-201ENST00000413528 628 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CUX1P39880 SDCBP2P1-201ENST00000416115 614 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
CUX1P39880 AL359182.1-201ENST00000435915 469 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CUX1P39880 TIMMDC1-207ENST00000493694 710 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CUX1P39880 GLIPR1L2-203ENST00000547164 509 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CUX1P39880 SNORA50D-202ENST00000627561 132 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
CUX1P39880 FCGR3A-208ENST00000638849 873 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CUX1P39880 RPL15-201ENST00000307839 2730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CUX1P39880 CDCP2-201ENST00000371330 2723 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CUX1P39880 ZBTB9-201ENST00000395064 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CUX1P39880 EFEMP1-202ENST00000394555 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CUX1P39880 TCL1A-201ENST00000402399 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CUX1P39880 RCSD1-206ENST00000537350 3044 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CUX1P39880 BX640514.1-201ENST00000583223 1918 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
CUX1P39880 HOXA13-201ENST00000222753 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CUX1P39880 AC040160.2-201ENST00000623816 1675 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
CUX1P39880 KSR1-201ENST00000268763 2806 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CUX1P39880 GAL3ST4-202ENST00000411994 1404 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CUX1P39880 TRO-225ENST00000622017 1403 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CUX1P39880 GPR84-202ENST00000551809 2041 ntAPPRIS P1 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CUX1P39880 LINC01002-209ENST00000631858 1761 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CUX1P39880 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CUX1P39880 ABCB8-201ENST00000297504 2487 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CUX1P39880 POFUT2-214ENST00000615172 2472 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 187.3 ms