Protein–RNA interactions for Protein: P23560

BDNF, Brain-derived neurotrophic factor, humanhuman

Predictions only

Length 247 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BDNFP23560 NME1-NME2-203ENST00000555572 1193 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
BDNFP23560 AC008763.1-201ENST00000601797 843 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
BDNFP23560 FXYD6-FXYD2-202ENST00000614497 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
BDNFP23560 MLXIPL-201ENST00000313375 3278 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
BDNFP23560 MLXIPL-206ENST00000434326 3252 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
BDNFP23560 TBC1D16-209ENST00000576768 6342 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
BDNFP23560 ORC6-201ENST00000219097 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
BDNFP23560 RBM4B-206ENST00000531036 1646 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
BDNFP23560 ZNF34-201ENST00000343459 1901 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
BDNFP23560 SIRT2-202ENST00000358931 1912 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
BDNFP23560 ZNF34-202ENST00000429371 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
BDNFP23560 ZNF74-209ENST00000611540 3714 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
BDNFP23560 DIRAS3-201ENST00000370981 1973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
BDNFP23560 ACTL8-202ENST00000617065 1670 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
BDNFP23560 POU2F2-204ENST00000526816 3218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
BDNFP23560 AC007191.1-201ENST00000623179 2995 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
BDNFP23560 MARK2P16-201ENST00000605714 1723 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
BDNFP23560 RNF123-202ENST00000432042 2670 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
BDNFP23560 SRRD-201ENST00000215917 4020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
BDNFP23560 ENDOD1-201ENST00000278505 4687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
BDNFP23560 PTPRU-205ENST00000460170 5337 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
BDNFP23560 CNOT9-201ENST00000273064 4079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
BDNFP23560 OPRM1-201ENST00000229768 1465 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
BDNFP23560 OPRM1-207ENST00000428397 1481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
BDNFP23560 AC020910.6-201ENST00000623084 1459 ntBASIC15.08■□□□□ 0.01
BDNFP23560 PATZ1-202ENST00000266269 3781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
BDNFP23560 ACSL3-202ENST00000392066 3147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
BDNFP23560 PHLDA1-201ENST00000266671 8069 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
BDNFP23560 TMCO3-207ENST00000474393 2843 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
BDNFP23560 P2RX5-TAX1BP3-201ENST00000550383 5905 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
BDNFP23560 ALG3-205ENST00000445626 1533 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
BDNFP23560 PGAP2-227ENST00000496834 1530 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
BDNFP23560 TTC29-208ENST00000513335 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
BDNFP23560 KIF19-202ENST00000389916 3643 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
BDNFP23560 HYOU1-218ENST00000614668 1569 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
BDNFP23560 U2AF1L4-201ENST00000292879 729 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
BDNFP23560 FMR1NB-201ENST00000370467 1021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
BDNFP23560 GGCT-203ENST00000409144 836 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
BDNFP23560 AC080129.2-201ENST00000418353 430 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
BDNFP23560 AL592076.1-201ENST00000424448 303 ntBASIC15.08■□□□□ 0
BDNFP23560 CSHL1-205ENST00000438387 566 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
BDNFP23560 AL139246.4-201ENST00000442305 514 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
BDNFP23560 FGFR3P1-201ENST00000449999 601 ntBASIC15.08■□□□□ 0
BDNFP23560 TMEM218-205ENST00000527271 706 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
BDNFP23560 GGCT-201ENST00000005374 1032 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
BDNFP23560 PPCDC-205ENST00000563393 1149 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
BDNFP23560 PPCDC-208ENST00000567336 892 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
BDNFP23560 ELP5-212ENST00000574255 671 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
BDNFP23560 AC079336.4-201ENST00000584219 408 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
BDNFP23560 AC105105.3-201ENST00000585470 646 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
BDNFP23560 Metazoa_SRP.65-201ENST00000615602 264 ntBASIC15.08■□□□□ 0
BDNFP23560 Metazoa_SRP.69-201ENST00000615730 281 ntBASIC15.08■□□□□ 0
BDNFP23560 KRTAP10-4-203ENST00000622352 1244 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
BDNFP23560 SLCO2B1-203ENST00000428359 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
BDNFP23560 AC005726.3-202ENST00000577814 1316 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
BDNFP23560 ATXN2L-202ENST00000336783 4367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
BDNFP23560 POLR2E-211ENST00000612655 1749 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
BDNFP23560 ZNF655-201ENST00000252713 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
BDNFP23560 TSC2-203ENST00000382538 5264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
BDNFP23560 TTC39A-216ENST00000530004 1780 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
BDNFP23560 CDK17-201ENST00000261211 4157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
BDNFP23560 UBR5-201ENST00000220959 9418 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
BDNFP23560 TTC28-AS1-207ENST00000428584 5859 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
BDNFP23560 ARHGAP25-216ENST00000497079 1843 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
BDNFP23560 PLSCR1-214ENST00000487389 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
BDNFP23560 NOTCH4-201ENST00000375023 6745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
BDNFP23560 WNT9B-202ENST00000393461 2654 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
BDNFP23560 SARS2-202ENST00000430193 1886 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
BDNFP23560 KATNBL1-201ENST00000256544 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
BDNFP23560 ELP4-201ENST00000350638 1907 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
BDNFP23560 CICP16-201ENST00000502609 2813 ntBASIC15.07■□□□□ 0
BDNFP23560 CARHSP1-220ENST00000619881 2849 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
BDNFP23560 KLK6-201ENST00000310157 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
BDNFP23560 PI4K2A-201ENST00000370631 4189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
BDNFP23560 SLC1A7-206ENST00000620347 2873 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
BDNFP23560 FYTTD1-201ENST00000241502 6866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
BDNFP23560 PTGES3-207ENST00000614328 2077 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
BDNFP23560 AC021683.3-202ENST00000592572 4440 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
BDNFP23560 LINC01305-201ENST00000420866 3123 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
BDNFP23560 DNAJC5-201ENST00000360864 5213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
BDNFP23560 FGD5-206ENST00000543601 5768 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
BDNFP23560 CRYBB1-201ENST00000215939 1102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
BDNFP23560 PLAC8L1-201ENST00000311450 638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
BDNFP23560 ZDHHC4-201ENST00000335965 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
BDNFP23560 ANKDD1A-203ENST00000395723 1250 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
BDNFP23560 TMEM216-202ENST00000398979 908 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
BDNFP23560 C1QA-202ENST00000402322 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
BDNFP23560 CAMKMT-203ENST00000403853 1114 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
BDNFP23560 AL139339.1-201ENST00000411906 657 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
BDNFP23560 HINT2P1-201ENST00000419438 481 ntBASIC15.07■□□□□ 0
BDNFP23560 AC060234.1-201ENST00000422966 474 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
BDNFP23560 AC098934.1-204ENST00000430114 631 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
BDNFP23560 AP000356.1-201ENST00000438893 364 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
BDNFP23560 FTLP1-201ENST00000449155 526 ntBASIC15.07■□□□□ 0
BDNFP23560 SRSF10-211ENST00000484146 1089 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
BDNFP23560 AP001160.1-201ENST00000535817 565 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
BDNFP23560 MESP2-203ENST00000560219 859 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
BDNFP23560 AC104961.2-201ENST00000578129 663 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
BDNFP23560 SNHG25-202ENST00000582965 278 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
BDNFP23560 FBXL12-202ENST00000585379 956 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.4 ms