Protein–RNA interactions for Protein: O95484

CLDN9, Claudin-9, humanhuman

Predictions only

Length 217 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN9O95484 AL591471.1-201ENST00000621855 229 ntBASIC13.9□□□□□ -0.18
CLDN9O95484 ARL16-215ENST00000622299 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLDN9O95484 CDH3-201ENST00000264012 4929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLDN9O95484 CCT8L1P-201ENST00000465400 1674 ntBASIC13.9□□□□□ -0.18
CLDN9O95484 NIPAL3-203ENST00000358028 1757 ntTSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLDN9O95484 GOSR2-203ENST00000415811 2171 ntTSL 5 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLDN9O95484 PIK3R5-219ENST00000616147 4377 ntTSL 5 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLDN9O95484 CPSF1-212ENST00000616140 4494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLDN9O95484 MAPK14-202ENST00000229795 4319 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLDN9O95484 YTHDF2-201ENST00000373812 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLDN9O95484 MINDY4-201ENST00000265299 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLDN9O95484 AL928654.5-201ENST00000624831 2501 ntBASIC13.9□□□□□ -0.18
CLDN9O95484 ASB3-201ENST00000263634 2214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLDN9O95484 TSEN2-202ENST00000402228 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLDN9O95484 SLC6A9-203ENST00000372306 1926 ntTSL 2 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLDN9O95484 OR2A25-202ENST00000641441 1733 ntAPPRIS P1 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLDN9O95484 PPP1R1B-203ENST00000394267 1504 ntTSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 COLCA2-202ENST00000526216 1332 ntTSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 STK32B-201ENST00000282908 3582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 PAX2-202ENST00000361791 3193 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 RAPGEF3-205ENST00000449771 6061 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 NAP1L2-201ENST00000373517 2550 ntAPPRIS P1 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 ZNF174-201ENST00000268655 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 GIT2-201ENST00000320063 2094 ntTSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 AC008429.1-202ENST00000518818 2067 ntTSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 SPPL2A-201ENST00000261854 7372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 CHEK2-201ENST00000328354 1867 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 GMPR2-204ENST00000420554 1864 ntTSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 GMPR2-223ENST00000559836 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 AC073548.1-201ENST00000624088 1882 ntBASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 G6PD-201ENST00000369620 1799 ntTSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 ZKSCAN2-201ENST00000328086 7523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 C9orf3-202ENST00000297979 2820 ntTSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 C14orf39-201ENST00000321731 2813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 ZCCHC7-209ENST00000534928 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 ABI2-215ENST00000430418 1676 ntTSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 LIMS4-204ENST00000632897 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 NPFF-201ENST00000267017 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 BEX5-201ENST00000333643 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 PKIG-201ENST00000349959 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 ZNF248-202ENST00000374648 1286 ntTSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 STX1A-203ENST00000395155 783 ntTSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 PSTK-202ENST00000405485 1047 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 EPDR1-203ENST00000425345 947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 AL450469.2-201ENST00000427132 499 ntTSL 3 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 AL807752.4-201ENST00000439076 580 ntTSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 RALY-AS1-203ENST00000440595 660 ntTSL 3 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 KRT18P15-201ENST00000458108 1291 ntBASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 ACA64.2-201ENST00000459014 129 ntBASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 AC006122.1-201ENST00000493323 440 ntBASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 AC106786.2-201ENST00000506859 561 ntTSL 4 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 TMEM161B-AS1-212ENST00000513011 833 ntTSL 3 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 PAX5-211ENST00000522003 1019 ntTSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 RAB40B-202ENST00000538809 704 ntTSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 NAA40-206ENST00000542163 1035 ntTSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 AC003686.1-201ENST00000550956 1034 ntBASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 AL512310.5-201ENST00000551999 515 ntBASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 AL160314.3-201ENST00000556041 767 ntBASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 AC140658.4-201ENST00000561990 352 ntBASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 SLC38A7-207ENST00000564391 731 ntTSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 AC005544.2-201ENST00000579138 229 ntTSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 AP005264.1-201ENST00000586226 733 ntTSL 3 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 OCEL1-213ENST00000601529 942 ntTSL 3 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 STXBP2-221ENST00000602355 716 ntTSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 MUC1-226ENST00000614519 1093 ntTSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 HIST1H3I-201ENST00000616365 411 ntAPPRIS P1 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 PRRC2B-210ENST00000638390 1084 ntTSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 PCTP-207ENST00000576183 2680 ntTSL 3 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 NR4A1-202ENST00000360284 2589 ntTSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 MED15-204ENST00000406969 3210 ntTSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 GRSF1-201ENST00000254799 6666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 SLC9B2-202ENST00000394785 3126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 RCHY1-202ENST00000380840 1735 ntTSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 UVRAG-201ENST00000356136 4123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 LTB4R-203ENST00000396789 4110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 PRDM10-204ENST00000423662 5998 ntTSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 GNAI2-201ENST00000266027 2169 ntTSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 TMEM87B-201ENST00000283206 5212 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 MAP2K7-203ENST00000397983 3396 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 ANKRD33-202ENST00000340970 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 PHTF1-204ENST00000369604 3273 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 USP39-207ENST00000450066 2086 ntTSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 ATN1-201ENST00000356654 4351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 LINC00905-203ENST00000588838 1414 ntTSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 GOLGA8EP-201ENST00000530246 1959 ntBASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 UACA-201ENST00000322954 6939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 JPH3-201ENST00000284262 3985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 CXorf40B-202ENST00000370404 1316 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 SH3BP5L-201ENST00000366472 3861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 KIF21B-201ENST00000332129 9897 ntTSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 DNMT3B-204ENST00000353855 4237 ntTSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 PRKCSH-212ENST00000591462 2209 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 TRIM17-203ENST00000366697 2652 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 DAZL-201ENST00000250863 3104 ntTSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 PTPRA-201ENST00000216877 3725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 AC105206.1-202ENST00000314927 2368 ntBASIC13.88□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 JMJD6-203ENST00000445478 5303 ntTSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 TUNAR-201ENST00000503525 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 MLLT10-201ENST00000307729 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
CLDN9O95484 PLK2-201ENST00000274289 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.4 ms