Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 NIPA1-201ENST00000337435 6567 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 ADCY6-201ENST00000307885 6464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 USP28-214ENST00000545540 3431 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 CUX1-214ENST00000550008 4350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 CYB561-219ENST00000584031 3200 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 MAEA-207ENST00000505177 1340 ntTSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 STX1A-201ENST00000222812 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 STX1A-204ENST00000395156 2050 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 PDE7A-203ENST00000401827 3673 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 MAGED2-201ENST00000218439 1958 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 GCK-204ENST00000403799 2729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 TTLL13P-202ENST00000438251 2738 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 WDR20-203ENST00000335263 2616 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 RAPH1-202ENST00000319170 9808 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 KCNN2-201ENST00000264773 2512 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 KIF3C-201ENST00000264712 5344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 ALDOA-228ENST00000627059 2402 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 LINC00639-201ENST00000553932 4496 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 SLC8B1-202ENST00000546737 1656 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 TEAD3-201ENST00000338863 2983 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 RIOX2-202ENST00000360258 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 ASCC2-201ENST00000307790 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 HIF3A-218ENST00000600383 2101 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 SLCO6A1-205ENST00000506729 2689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 IL9R-202ENST00000369423 2032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 KCNT1-208ENST00000488444 3696 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 PCDHA7-201ENST00000356878 2922 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 ARNT2-209ENST00000622346 2932 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 C3orf33-205ENST00000534941 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 C16orf52-202ENST00000542527 4360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 PLAC8L1-201ENST00000311450 638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 PPDPF-202ENST00000370179 868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 C1QA-202ENST00000402322 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 RPL37A-203ENST00000427280 698 ntTSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 LAMA4-208ENST00000431543 1080 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 AC004869.1-201ENST00000440935 540 ntTSL 4 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 SNHG14-206ENST00000450809 677 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 RPL37A-206ENST00000456586 401 ntTSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 AL157792.1-201ENST00000488281 530 ntBASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 RN7SL81P-201ENST00000493781 261 ntBASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 LINC02380-201ENST00000510956 1038 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 AC114947.1-202ENST00000514136 344 ntBASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 NDUFC1-209ENST00000539002 1198 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 NDUFC1-211ENST00000544855 1257 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 AC125603.3-201ENST00000550742 486 ntTSL 3 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 MIR4522-201ENST00000584932 87 ntBASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 RPL37A-211ENST00000598925 775 ntTSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 EID1-201ENST00000530028 2298 ntAPPRIS P1 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 HSD17B6-207ENST00000555805 1722 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 MAPK7-203ENST00000395602 3059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 DMTN-205ENST00000432128 2508 ntTSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 LIMK2-203ENST00000340552 2789 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 DUS2-207ENST00000565263 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 AMHR2-201ENST00000257863 1863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 TLX1NB-202ENST00000445873 1862 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 DUOXA1-216ENST00000613425 1867 ntTSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 ACOT7-210ENST00000608083 1403 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 C15orf52-206ENST00000559313 3022 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 CAVIN1-201ENST00000357037 3828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 HORMAD1-201ENST00000322343 1771 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 SMARCA2-208ENST00000382194 5679 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 ANKRD46-205ENST00000520311 3270 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 RAMP3-201ENST00000242249 1323 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 SERHL-201ENST00000359906 1346 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 PCBP1-AS1-214ENST00000419542 1309 ntTSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 TMEM41B-204ENST00000528080 3968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 PLLP-205ENST00000613167 7578 ntTSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 TRAK1-208ENST00000484786 2008 ntTSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
USP39Q53GS9 TTC39A-208ENST00000413473 2718 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 CECR7-202ENST00000441006 2726 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 BCAT2-201ENST00000316273 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 DNAJC14-201ENST00000317269 3330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 TMEM230-202ENST00000342308 1562 ntTSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 TLL1-206ENST00000513213 1829 ntTSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 RP1L1-202ENST00000382483 7973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 CEP78-203ENST00000376598 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 FAS-202ENST00000352159 1722 ntTSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 ZNF587-203ENST00000423137 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 SPAG8-209ENST00000484764 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 TIMP2-201ENST00000262768 3652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 UBTF-204ENST00000436088 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 SPACA3-201ENST00000269053 817 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 CGB1-201ENST00000301407 573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 RNASE10-201ENST00000328444 717 ntAPPRIS P1 BASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 FMR1NB-201ENST00000370467 1021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 NACA-202ENST00000393891 1059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 ATP6V1E1-202ENST00000399796 1208 ntTSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 AL627389.1-201ENST00000413508 1182 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 PIN4P1-201ENST00000451079 396 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 RPP40-203ENST00000464646 1042 ntTSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 ANXA5-210ENST00000515017 1190 ntTSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 AC005696.1-201ENST00000572876 443 ntTSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 SPACA3-205ENST00000580599 949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 RPL17P45-201ENST00000586289 509 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 AC009264.1-206ENST00000592183 534 ntTSL 4 BASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 PRMT5-AS1-206ENST00000599580 847 ntTSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 MIR6858-201ENST00000620733 67 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 ADH5-213ENST00000626055 1299 ntTSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 XKR9-203ENST00000520030 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 C3orf62-201ENST00000343010 4235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
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