Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 ANAPC15-214ENST00000543587 883 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
LIG1P18858 IFI27L1-210ENST00000556381 804 ntTSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
LIG1P18858 CX3CL1-203ENST00000564948 563 ntTSL 3 BASIC16.65■□□□□ 0.26
LIG1P18858 FBXL12-211ENST00000591009 1005 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
LIG1P18858 AC008750.3-201ENST00000601148 437 ntTSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
LIG1P18858 SYNE2-228ENST00000639659 1290 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
LIG1P18858 TAMM41-205ENST00000444133 1619 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
LIG1P18858 ENG-204ENST00000480266 2804 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
LIG1P18858 VDAC1-201ENST00000265333 1953 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
LIG1P18858 PRSS54-201ENST00000219301 1810 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
LIG1P18858 AJUBA-201ENST00000262713 4262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
LIG1P18858 AC239799.1-201ENST00000612520 3411 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
LIG1P18858 FKBP4P6-201ENST00000457486 1332 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
LIG1P18858 TNFAIP8L1-201ENST00000327473 3814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
LIG1P18858 TNFAIP8L1-202ENST00000536716 3845 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
LIG1P18858 SMPDL3A-201ENST00000368440 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
LIG1P18858 FAM98B-202ENST00000397609 4388 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
LIG1P18858 ACADM-202ENST00000370841 2619 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
LIG1P18858 BAX-201ENST00000293288 1358 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.26
LIG1P18858 RNF145-202ENST00000424310 3613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
LIG1P18858 TGFBR3-204ENST00000465892 2908 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
LIG1P18858 MED22-209ENST00000610888 3867 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
LIG1P18858 FOS-201ENST00000303562 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
LIG1P18858 AP000550.1-201ENST00000420508 4833 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
LIG1P18858 SCNN1A-201ENST00000228916 3135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
LIG1P18858 ACOT7-203ENST00000377845 1432 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
LIG1P18858 XPR1-201ENST00000367589 4126 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
LIG1P18858 PDYN-AS1-201ENST00000446562 1802 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
LIG1P18858 PAX2-202ENST00000361791 3193 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
LIG1P18858 PCDH17-201ENST00000377918 8232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
LIG1P18858 RNF44-201ENST00000274811 4155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
LIG1P18858 AGRP-201ENST00000290953 764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
LIG1P18858 SPAG11B-203ENST00000359758 612 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
LIG1P18858 SYNGR1-204ENST00000381535 1295 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
LIG1P18858 SGK2-207ENST00000426287 1182 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
LIG1P18858 C1QTNF6-203ENST00000434784 975 ntTSL 3 BASIC16.64■□□□□ 0.25
LIG1P18858 AC245100.3-201ENST00000441281 285 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
LIG1P18858 AC106786.2-201ENST00000506859 561 ntTSL 4 BASIC16.64■□□□□ 0.25
LIG1P18858 XRCC3-210ENST00000554974 575 ntTSL 4 BASIC16.64■□□□□ 0.25
LIG1P18858 AC132938.4-201ENST00000623835 848 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
LIG1P18858 TACR2-201ENST00000373306 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
LIG1P18858 HYOU1-219ENST00000614711 3057 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
LIG1P18858 OSBPL5-201ENST00000263650 3889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
LIG1P18858 CLCN7-201ENST00000262318 3717 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
LIG1P18858 GOLGA8IP-202ENST00000611635 2100 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
LIG1P18858 KRT36-202ENST00000393986 1707 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
LIG1P18858 KIF6-201ENST00000229913 1330 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
LIG1P18858 CHST10-203ENST00000409701 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
LIG1P18858 LOXHD1-203ENST00000398686 1958 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
LIG1P18858 ZNF417-203ENST00000595559 1975 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
LIG1P18858 NGEF-201ENST00000264051 3215 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
LIG1P18858 KLHDC7A-201ENST00000400664 5145 ntAPPRIS P1 BASIC16.64■□□□□ 0.25
LIG1P18858 NOL9-201ENST00000377705 6649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
LIG1P18858 ZNF641-201ENST00000301042 4544 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
LIG1P18858 PRDM16-203ENST00000378391 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 PDE2A-203ENST00000418754 2855 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 C7orf72-201ENST00000297001 2028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 FAM149A-203ENST00000389354 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 PSIP1-203ENST00000380733 3391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 CCDC86-201ENST00000227520 1893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 GRHL1-202ENST00000405379 1881 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 ADAM17-203ENST00000497134 1873 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 PML-201ENST00000268058 4508 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 MINDY2-203ENST00000559228 9238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 ARHGEF7-201ENST00000218789 5233 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 STEAP2-202ENST00000394621 7033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 AL356585.2-201ENST00000625078 2396 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 STAR-201ENST00000276449 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 CTIF-202ENST00000382998 4407 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 SLC1A6-201ENST00000221742 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 LGALS2-201ENST00000215886 591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 CDK2-202ENST00000354056 1260 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 AL355483.2-201ENST00000421637 675 ntTSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 CNN2P8-201ENST00000421872 913 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 AL049698.1-202ENST00000441716 757 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 POLR2F-208ENST00000470701 584 ntTSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 FHIT-208ENST00000492590 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 AL355102.5-201ENST00000554769 572 ntTSL 4 BASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 MIR6752-201ENST00000618442 71 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 A1CF-202ENST00000373993 1997 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 NCLP1-201ENST00000445357 1963 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 SMAD2-202ENST00000356825 10445 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 PPT2-245ENST00000361568 1759 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 MEF2C-AS1-210ENST00000514011 1754 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 SERPING1-201ENST00000278407 2002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 MEAF6-203ENST00000373074 2005 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 AC064801.2-201ENST00000625052 1303 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 TMEM87A-201ENST00000307216 1598 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 C2orf68-201ENST00000306336 2837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 AC114271.1-201ENST00000612689 2813 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 EIF4G3-204ENST00000374935 5567 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 TOX2-202ENST00000358131 2605 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 KLHL34-201ENST00000379499 3641 ntAPPRIS P1 BASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 GGT1-203ENST00000400382 2628 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 CSF2RB-203ENST00000406230 2895 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 KRT8P28-201ENST00000433288 1390 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 FLI1-201ENST00000281428 4151 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
LIG1P18858 SPIN3-207ENST00000638386 4461 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
LIG1P18858 GRM7-215ENST00000486284 4241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
LIG1P18858 IKBKG-208ENST00000611176 1654 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.2 ms