Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 NUDCD2-202ENST00000517501 448 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 FXYD2-205ENST00000528014 672 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 BATF-202ENST00000555504 361 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 DCTPP1-202ENST00000565758 749 ntTSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 FAM104A-204ENST00000580032 451 ntTSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 ZNF571-AS1-204ENST00000587121 822 ntTSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 BAP1-211ENST00000615113 489 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 AL451007.2-201ENST00000632004 563 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 AL139130.1-201ENST00000451362 5586 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 RUNDC3B-202ENST00000338056 4099 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 FUCA1P1-201ENST00000374476 1351 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 ASGR1-209ENST00000619926 1384 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 CCDC22-201ENST00000376227 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 PHF8-203ENST00000338946 4651 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 SDF2-201ENST00000247020 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 INSC-205ENST00000525218 1576 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 LINC02021-201ENST00000504808 1608 ntTSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 TUBGCP6-204ENST00000439308 6078 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 CEP63-212ENST00000513612 2903 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 HMBOX1-212ENST00000558662 1765 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 ALDH1B1-201ENST00000377698 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 ELAC2-201ENST00000338034 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 ACSL3-202ENST00000392066 3147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 KNSTRN-202ENST00000416151 1899 ntTSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 LOXHD1-203ENST00000398686 1958 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 BIRC2-214ENST00000621637 3331 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 PAQR6-204ENST00000356983 2143 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 AC046130.1-201ENST00000501954 2179 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 ABCB8-221ENST00000498578 2350 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 PAX6-202ENST00000379107 2579 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 XRCC3-211ENST00000555055 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 COCH-203ENST00000460581 2688 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 SPATA8-201ENST00000328504 1083 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 STK16-203ENST00000409516 895 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 HTATIP2-202ENST00000421577 886 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 KRT18P62-201ENST00000446618 1287 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 C11orf97-201ENST00000542198 701 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 SNHG15-205ENST00000580458 710 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 AC011462.2-201ENST00000598887 344 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 GARS-210ENST00000627489 324 ntTSL 4 BASIC17.6■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 ACTN4-203ENST00000424234 1566 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 TAOK2-203ENST00000416441 4780 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 PCDHA3-201ENST00000522353 5260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 BX640514.1-201ENST00000583223 1918 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 PIGT-203ENST00000372689 1971 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 SCLT1-208ENST00000506368 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 CACNA2D4-220ENST00000585732 2566 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 INTS4P1-203ENST00000641008 3683 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 ZNF804B-201ENST00000333190 4659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 LINC01979-201ENST00000576738 5271 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 CCAR2-202ENST00000389279 3980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 CRK-201ENST00000300574 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 TMEM201-202ENST00000340381 3776 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 EIF2AK4-208ENST00000559624 3548 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 DNAAF5-201ENST00000297440 3410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 AC106881.1-201ENST00000605849 3329 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 ZNF354B-201ENST00000322434 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 LYSMD4-204ENST00000409796 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 SAFB-202ENST00000454510 2650 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 KIAA1257-204ENST00000511438 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 WDR46-231ENST00000374617 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 AC015909.5-201ENST00000624336 2266 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 TBC1D3-201ENST00000620215 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 TBC1D3C-201ENST00000622206 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 CYB561A3-203ENST00000447532 1803 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 HLA-DPA1-242ENST00000419277 1704 ntAPPRIS P2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 ZFAND6-222ENST00000613266 1729 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 NIPA1-207ENST00000561183 1675 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 RRAGA-201ENST00000380527 1589 ntAPPRIS P1 BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 RTFDC1-203ENST00000395881 1572 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 RCC2P1-201ENST00000452257 1476 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 AC117503.4-201ENST00000623229 1418 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 COQ3-201ENST00000254759 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 TMEM95-201ENST00000330767 1169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 SLC50A1-202ENST00000368401 1166 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 AL391839.2-201ENST00000412085 383 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 AQP7P5-201ENST00000428759 1049 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 AL513211.1-201ENST00000429053 483 ntTSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 EEF1DP2-201ENST00000433698 843 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 AQP7P4-201ENST00000447083 1042 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 AL356218.1-201ENST00000450864 353 ntTSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 AQP7P2-201ENST00000453967 1041 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 FOXN3-AS2-201ENST00000554071 1262 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 AC008687.1-201ENST00000591656 786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 NOP16-211ENST00000621444 954 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 AQP7P3-201ENST00000624547 1041 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 SP2-201ENST00000376741 3112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 CNOT3-204ENST00000447684 2765 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 SPTBN4-212ENST00000598249 8070 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 GLIDR-202ENST00000625350 2588 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 DAPK1-202ENST00000408954 5892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 ACE-201ENST00000290863 2479 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 AL354813.1-201ENST00000526566 2437 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 GALNT16-202ENST00000448469 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 COBL-201ENST00000265136 5291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 LEF1-202ENST00000379951 3477 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 TLL1-204ENST00000507499 4818 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 TMEM145-203ENST00000598766 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 REPIN1-201ENST00000397281 3292 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
TRIM28Q13263 ZNF324-203ENST00000536459 5653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.41
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