Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 TLE4-204ENST00000376537 2793 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 KHK-201ENST00000260598 2397 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 UPK3B-202ENST00000334348 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AC008536.3-201ENST00000623282 1599 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 TLL1-206ENST00000513213 1829 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 VIPAS39-208ENST00000556412 1832 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 ATP2A3-205ENST00000397041 4675 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 CRYM-202ENST00000543948 1400 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 USP42-201ENST00000306177 5155 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 TVP23C-210ENST00000584811 2989 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 POP4-201ENST00000221770 2321 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 ILF2-201ENST00000361891 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 LINC01864-201ENST00000587218 1661 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 GNAI2-201ENST00000266027 2169 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 CIAPIN1-201ENST00000394391 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 CC2D1B-202ENST00000371586 5642 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 INHBE-201ENST00000266646 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AQP7-202ENST00000377425 1068 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 PRR23A-201ENST00000383163 801 ntAPPRIS P1 BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 LINC01983-201ENST00000413586 574 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AL132657.1-201ENST00000432530 712 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 STK24P1-201ENST00000455035 1291 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 ANKRD2-204ENST00000455090 1072 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AC092903.1-201ENST00000466506 262 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 RHOH-206ENST00000505618 1225 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 HNRNPA1P56-201ENST00000505767 954 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 EXTL3-AS1-203ENST00000520023 780 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 BID-209ENST00000551952 700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 MT1G-203ENST00000568675 628 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 PCDHGB5-202ENST00000621169 2670 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 UBE2L5P-202ENST00000635918 1513 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 PDE1B-201ENST00000243052 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 DIAPH2-202ENST00000355827 3782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 B3GNTL1-201ENST00000320865 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 PIP5K1A-202ENST00000368888 2134 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 ACOX3-202ENST00000413009 2374 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 PPT1-215ENST00000641471 2368 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 ANXA6-215ENST00000523714 2451 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 ZNF131-214ENST00000509634 3340 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 AKR1C2-202ENST00000421196 1481 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 COX4I1-208ENST00000564903 1481 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 FAM222B-202ENST00000452648 2836 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 TUBB4A-201ENST00000264071 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 TPD52L2-204ENST00000351424 2302 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 B3GALNT1-203ENST00000392781 3606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 CDKN2B-AS1-208ENST00000580576 2175 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 PAPD7-207ENST00000631941 1902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 YARS-201ENST00000373477 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 C15orf61-201ENST00000342683 4253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 CAB39L-204ENST00000409130 1411 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 GCLC-213ENST00000616923 3694 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 ATP5A1-215ENST00000590665 1793 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 SLC37A4-201ENST00000330775 2102 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 C19orf57-201ENST00000346736 2489 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 LSS-202ENST00000397728 4936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 HELZ2-202ENST00000427522 7827 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 SYNCRIP-202ENST00000369622 3023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 PGR-210ENST00000619228 3038 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 IQSEC3-203ENST00000538872 7094 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 OPN1MW2-201ENST00000369929 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 TRBV7-3-201ENST00000390361 397 ntAPPRIS P1 BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 AL157823.1-201ENST00000403727 628 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 CDCA4P4-201ENST00000435216 680 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 AC100858.1-201ENST00000514059 1228 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 IKBKB-223ENST00000522147 954 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 TPP1-209ENST00000528657 578 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 DUT-207ENST00000559416 635 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 AC092756.1-201ENST00000560248 448 ntTSL 3 BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 MIAT_exon5_3.1-201ENST00000613656 377 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 MTUS1-229ENST00000634613 1193 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 CCDC8-201ENST00000307522 3213 ntAPPRIS P1 BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 SYBU-205ENST00000422135 3226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 ARL15-201ENST00000502271 3248 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 PLEKHG3-202ENST00000394691 4397 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 AL139423.1-201ENST00000606802 7923 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 AC105917.1-201ENST00000506637 2539 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 NECTIN1-203ENST00000341398 1377 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 GP5-201ENST00000401815 3534 ntAPPRIS P1 BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 EEF1AKMT3-201ENST00000300209 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 UVSSA-206ENST00000507531 2597 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 COL25A1-201ENST00000399126 2674 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 CNKSR1-214ENST00000531191 2673 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 TLE2-203ENST00000443826 2238 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 NUDT16P1-202ENST00000499077 2208 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 GPER1-201ENST00000297469 2778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 PDE8B-203ENST00000340978 3426 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 FBXL12-201ENST00000247977 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 RNF34-211ENST00000613529 1449 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 RASA4-204ENST00000462172 2634 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 PITPNC1-203ENST00000580974 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 NCK2-203ENST00000393349 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 MKNK2-201ENST00000250896 3774 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 OTUD7A-201ENST00000307050 10770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 MRPS17-201ENST00000285298 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 ZNF382-202ENST00000423582 2657 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 TTBK1-201ENST00000259750 6932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 NCKIPSD-201ENST00000294129 2989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 CBX3-201ENST00000337620 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 NUDT2-201ENST00000346365 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
COL6A1P12109 NUDT2-202ENST00000379155 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.69■□□□□ 0.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.6 ms