Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 BCL6-211ENST00000621333 3399 ntTSL 5 BASIC12.28□□□□□ -0.441e-12■□□□□ 8.9
SF3A3Q12874 BCL6-202ENST00000406870 3569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.73□□□□□ -0.691e-12■□□□□ 8.9
SF3A3Q12874 BCL6-203ENST00000419510 4178 ntTSL 29.64□□□□□ -0.871e-12■□□□□ 8.9
SF3A3Q12874 DDX17-206ENST00000467279 712 ntTSL 521.37■■□□□ 1.012e-24■□□□□ 8.9
SF3A3Q12874 FARP1-230ENST00000600380 510 ntTSL 311.07□□□□□ -0.642e-19■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 FARP1-221ENST00000597596 439 ntTSL 35.69□□□□□ -1.52e-19■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 SNORD8-201ENST00000363915 110 ntBASIC6.53□□□□□ -1.363e-25■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 MAN2A2-228ENST00000561047 1057 ntTSL 515.73■□□□□ 0.115e-6■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 MAN2A2-202ENST00000557865 2671 ntTSL 214.82□□□□□ -0.045e-6■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 MAN2A2-203ENST00000557990 956 ntTSL 511.68□□□□□ -0.545e-6■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 MAN2A2-230ENST00000561448 1443 ntTSL 29.61□□□□□ -0.875e-6■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 MAN2A2-219ENST00000560147 492 ntTSL 48.1□□□□□ -1.115e-6■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.446e-6■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.216e-6■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 AKR1A1-202ENST00000372070 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.016e-6■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 AKR1A1-205ENST00000473038 948 ntTSL 213.86□□□□□ -0.196e-6■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 AKR1A1-213ENST00000497973 667 ntTSL 211.38□□□□□ -0.596e-6■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 AKR1A1-211ENST00000495913 421 ntTSL 38.68□□□□□ -1.026e-6■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.452e-14■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.932e-14■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 H2AFY-210ENST00000506671 1905 ntTSL 517.79■□□□□ 0.442e-14■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 H2AFY-202ENST00000312469 1859 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.082e-14■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 NMT1-211ENST00000591931 748 ntTSL 215.18■□□□□ 0.025e-6■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 H2AFY-203ENST00000360597 1772 ntTSL 513.5□□□□□ -0.252e-14■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 SLC6A8-207ENST00000466243 544 ntTSL 212.1□□□□□ -0.472e-14■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 H2AFY-201ENST00000304332 1881 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.08□□□□□ -0.482e-14■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 H2AFY-218ENST00000512507 10982 ntTSL 1 (best)11.06□□□□□ -0.642e-14■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 GTF2IP7-201ENST00000434037 2399 ntTSL 1 (best) BASIC10.02□□□□□ -0.812e-14■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 DDX3Y-202ENST00000360160 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.54□□□□□ -0.882e-14■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 H2AFY-215ENST00000510038 1314 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC9.39□□□□□ -0.912e-14■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 H2AFY-205ENST00000451949 1744 ntTSL 28.4□□□□□ -1.072e-14■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 H2AFY-220ENST00000513268 501 ntTSL 37.96□□□□□ -1.142e-14■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 H2AFY-216ENST00000511494 2521 ntTSL 27.58□□□□□ -1.22e-14■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 DDX3Y-201ENST00000336079 4445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.16□□□□□ -1.422e-14■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 GTF2IP7-202ENST00000436677 309 ntBASIC4.97□□□□□ -1.612e-14■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 DDX3Y-205ENST00000463199 621 ntTSL 33.54□□□□□ -1.842e-14■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 HECTD1-204ENST00000553957 4395 ntTSL 24.99□□□□□ -1.616e-12■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 MAP3K11-202ENST00000524848 2139 ntTSL 220.74■□□□□ 0.913e-9■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 CDK5RAP1-202ENST00000346416 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.095e-6■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 CDK5RAP1-203ENST00000357886 2164 ntTSL 5 BASIC14.38□□□□□ -0.115e-6■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 CDK5RAP1-208ENST00000471264 763 ntTSL 513.94□□□□□ -0.185e-6■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 CDK5RAP1-205ENST00000460043 535 ntTSL 313.6□□□□□ -0.235e-6■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 CDK5RAP1-201ENST00000339269 1891 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.245e-6■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 CSTF3-202ENST00000431742 715 ntTSL 2 BASIC13.3□□□□□ -0.282e-13■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 CDK5RAP1-215ENST00000496381 858 ntTSL 312.22□□□□□ -0.455e-6■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 CSTF3-204ENST00000524556 558 ntTSL 311.95□□□□□ -0.52e-13■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 CSTF3-205ENST00000524775 434 ntTSL 411.66□□□□□ -0.542e-13■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 CDK5RAP1-210ENST00000473997 1930 ntTSL 2 BASIC11.57□□□□□ -0.565e-6■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 CSTF3-206ENST00000524827 693 ntTSL 3 BASIC11.29□□□□□ -0.62e-13■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 CSTF3-203ENST00000438862 1132 ntTSL 1 (best) BASIC9.62□□□□□ -0.872e-13■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 CDK5RAP1-212ENST00000481964 945 ntTSL 56.95□□□□□ -1.35e-6■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 CDK5RAP1-213ENST00000482967 840 ntTSL 36.95□□□□□ -1.35e-6■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 CSTF3-201ENST00000323959 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.95□□□□□ -1.462e-13■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 CSTF3-207ENST00000526480 479 ntTSL 35.77□□□□□ -1.492e-13■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 CTNND1-226ENST00000530720 832 ntTSL 43.69□□□□□ -1.822e-13■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.522e-7■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.582e-7■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 AP2M1-201ENST00000292807 1931 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.552e-7■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 AARS-207ENST00000569825 871 ntTSL 215.98■□□□□ 0.152e-7■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 DUSP6-204ENST00000547291 1074 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.142e-7■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 PIGU-201ENST00000217446 1632 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best)14.91□□□□□ -0.022e-7■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 PIGU-202ENST00000374820 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.082e-7■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 AP2M1-207ENST00000439647 1950 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.112e-7■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 NDUFA7-202ENST00000593729 569 ntTSL 214.34□□□□□ -0.112e-7■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 AP2M1-212ENST00000461733 1470 ntTSL 213.69□□□□□ -0.222e-7■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 CALCOCO1-217ENST00000549935 2112 ntTSL 513.67□□□□□ -0.222e-7■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 NDUFA7-204ENST00000601101 414 ntTSL 413.37□□□□□ -0.272e-7■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 AARS-201ENST00000261772 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.282e-7■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 EEF1D-240ENST00000531770 589 ntTSL 412.97□□□□□ -0.332e-7■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 SON-206ENST00000429093 684 ntTSL 512.59□□□□□ -0.392e-7■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 AC010323.1-201ENST00000598884 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC12.37□□□□□ -0.432e-7■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 PRPF40A-203ENST00000448428 490 ntTSL 511.34□□□□□ -0.592e-7■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 AARS-203ENST00000565361 839 ntTSL 510.97□□□□□ -0.652e-7■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 NDUFA7-201ENST00000301457 601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.662e-7■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 AP2M1-222ENST00000621863 1305 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC10.11□□□□□ -0.792e-7■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 NDUFA7-203ENST00000595856 553 ntTSL 58.74□□□□□ -1.012e-7■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 SON-214ENST00000474355 402 ntTSL 37.44□□□□□ -1.222e-7■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 PIGU-203ENST00000438215 509 ntTSL 36.92□□□□□ -1.32e-7■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 SLC22A31-205ENST00000603735 791 ntTSL 316.13■□□□□ 0.176e-25■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 FGG-203ENST00000404648 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.17□□□□□ -1.12e-6■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 FGG-209ENST00000465913 1573 ntTSL 26.74□□□□□ -1.332e-6■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 FGG-204ENST00000405164 1539 ntTSL 5 BASIC6.64□□□□□ -1.352e-6■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 FGG-212ENST00000492082 2031 ntTSL 56.64□□□□□ -1.352e-6■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 FGG-205ENST00000407946 1636 ntTSL 5 BASIC6.06□□□□□ -1.442e-6■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 FGG-201ENST00000336098 1659 ntTSL 2 BASIC6.03□□□□□ -1.442e-6■□□□□ 8.8
SF3A3Q12874 C16orf70-205ENST00000566026 525 ntTSL 37.75□□□□□ -1.172e-13■□□□□ 8.7
SF3A3Q12874 C16orf70-209ENST00000569626 2835 ntTSL 27.56□□□□□ -1.22e-13■□□□□ 8.7
SF3A3Q12874 FGFR4-214ENST00000513166 594 ntTSL 419.51■□□□□ 0.713e-10■□□□□ 8.7
SF3A3Q12874 FGFR4-212ENST00000510911 709 ntTSL 419.06■□□□□ 0.643e-10■□□□□ 8.7
SF3A3Q12874 FGFR4-216ENST00000514472 552 ntTSL 418.81■□□□□ 0.63e-10■□□□□ 8.7
SF3A3Q12874 FGFR4-209ENST00000507708 476 ntTSL 318.34■□□□□ 0.533e-10■□□□□ 8.7
SF3A3Q12874 FGFR4-208ENST00000503708 770 ntTSL 415.78■□□□□ 0.123e-10■□□□□ 8.7
SF3A3Q12874 GGA1-212ENST00000439161 568 ntTSL 422.46■■□□□ 1.192e-14■□□□□ 8.7
SF3A3Q12874 GGA1-207ENST00000411501 661 ntTSL 315.25■□□□□ 0.032e-14■□□□□ 8.7
SF3A3Q12874 GGA1-223ENST00000491295 594 ntTSL 415.1■□□□□ 0.012e-14■□□□□ 8.7
SF3A3Q12874 GGA1-211ENST00000431745 483 ntTSL 513.9□□□□□ -0.182e-14■□□□□ 8.7
SF3A3Q12874 GGA1-213ENST00000447515 577 ntTSL 413.68□□□□□ -0.222e-14■□□□□ 8.7
SF3A3Q12874 GGA1-202ENST00000326597 946 ntTSL 412.51□□□□□ -0.412e-14■□□□□ 8.7
SF3A3Q12874 GGA1-205ENST00000405147 575 ntTSL 4 BASIC5.76□□□□□ -1.492e-14■□□□□ 8.7
SF3A3Q12874 MAN2C1-208ENST00000562461 591 ntTSL 413.4□□□□□ -0.264e-17■□□□□ 8.7
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