Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 PI4KA-201ENST00000255882 6752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 SFXN3-201ENST00000224807 3089 ntTSL 5 BASIC12.71□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 AC015818.8-201ENST00000587907 1519 ntBASIC12.71□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 RGS12-202ENST00000338806 3010 ntTSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 AC027612.1-201ENST00000445234 2395 ntBASIC12.71□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 CCDC121-202ENST00000394775 1472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 CARMIL2-202ENST00000545661 4119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 PDZD7-206ENST00000619208 4135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.71□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 ITPR3-202ENST00000605930 9029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 TNC-212ENST00000542877 5517 ntTSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 XG-201ENST00000381174 2315 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 RPA3-201ENST00000223129 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.71□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 NAA15-202ENST00000398947 6072 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.71□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 GPR84-202ENST00000551809 2041 ntAPPRIS P1 BASIC12.71□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 SPATA13-203ENST00000382108 8463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 IL1RAP-209ENST00000422940 1957 ntTSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 PAPSS2-202ENST00000456849 3856 ntTSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 MBD4-201ENST00000249910 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 TCL1A-203ENST00000554012 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 NAA60-202ENST00000407558 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 ANKRD30BP2-201ENST00000435744 1610 ntBASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 HHEX-202ENST00000472590 1605 ntTSL 2 BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 RHOH-218ENST00000613272 1865 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 DNAJC3-AS1-201ENST00000499499 2908 ntTSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 AC036214.1-201ENST00000502766 2126 ntTSL 2 BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 WDR5-201ENST00000358625 3151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 CYP4F11-202ENST00000326742 2877 ntTSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 SLC26A11-201ENST00000361193 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 IRF9-202ENST00000396864 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 PKM-220ENST00000568459 1806 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 PAF1-204ENST00000595564 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 SYCP2L-201ENST00000283141 3130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 FFAR4-201ENST00000371481 3605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 GALNT3-201ENST00000392701 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 IL17RD-203ENST00000463523 2348 ntTSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 ANKRD36-204ENST00000461153 6102 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 NAT8-201ENST00000272425 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 LCE3E-201ENST00000368789 611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 TCEAL3-202ENST00000372627 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 IGLV4-69-201ENST00000390282 419 ntAPPRIS P1 BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 YBEY-203ENST00000397691 764 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 PUS10-202ENST00000398658 1227 ntTSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 ZNF707-203ENST00000442058 562 ntTSL 4 BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 GLIS3-AS1-201ENST00000451340 734 ntTSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 FAM167A-AS1-202ENST00000533578 1222 ntTSL 2 BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 ANAPC15-208ENST00000538393 867 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 KRT18P8-201ENST00000581937 1246 ntBASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 KLK3-207ENST00000595952 969 ntTSL 3 BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 AC104506.1-201ENST00000609247 429 ntBASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 EIF6-209ENST00000621148 1054 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 SUMO1-203ENST00000392246 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 PRR30-201ENST00000335524 2008 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 AC090643.2-201ENST00000623442 2029 ntBASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 ARMCX2-201ENST00000328766 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 RAPGEF4-201ENST00000397081 4299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 SAMD4B-201ENST00000314471 4519 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 IL20RA-201ENST00000316649 3485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 LINC01184-204ENST00000501702 2977 ntTSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 AL023775.1-201ENST00000454907 1746 ntBASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 NR1H3-221ENST00000481889 1704 ntTSL 5 BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 FGF1-201ENST00000337706 1469 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 MYADM-202ENST00000391768 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 ELF4-201ENST00000308167 4165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 BTBD9-206ENST00000481247 8525 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 LDLRAD4-201ENST00000359446 8486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 OGFOD1-209ENST00000568397 1681 ntTSL 5 BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 DUSP27-201ENST00000271385 3597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 SLC25A2-201ENST00000239451 1417 ntAPPRIS P1 BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 MSRB3-202ENST00000355192 4289 ntTSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 LINC01667-202ENST00000623919 1422 ntTSL 5 BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 CBFA2T3-202ENST00000327483 4033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 PGLYRP4-202ENST00000368739 2116 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 GOLGA7B-203ENST00000596005 6378 ntTSL 2 BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 ITPRIP-201ENST00000278071 6807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 RTL10-202ENST00000405640 6785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 CMBL-201ENST00000296658 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 ST3GAL5-203ENST00000393805 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 LINC02396-202ENST00000550636 2324 ntTSL 2 BASIC12.7□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 TBC1D9B-208ENST00000519746 2755 ntTSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 AC005562.1-201ENST00000583030 3219 ntBASIC12.69□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 CHL1-201ENST00000256509 8023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 PDYN-AS1-201ENST00000446562 1802 ntTSL 2 BASIC12.69□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 SLC23A1-201ENST00000348729 2299 ntTSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 ZNF663P-201ENST00000400371 2722 ntTSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 MRVI1-201ENST00000423302 6126 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.69□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 PLEKHA7-202ENST00000355661 4980 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 CCDC51-204ENST00000442740 1554 ntTSL 3 BASIC12.69□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 AC011498.7-201ENST00000624986 2027 ntBASIC12.69□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 PLCB3-202ENST00000325234 3946 ntTSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 SYT1-204ENST00000457153 4592 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 GDPD2-204ENST00000536730 2171 ntTSL 2 BASIC12.69□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 PRRT2-201ENST00000300797 3002 ntTSL 2 BASIC12.69□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 SPRY1-208ENST00000622283 2352 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.69□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 RFX2-222ENST00000592546 2578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC12.69□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 ELP4-201ENST00000350638 1907 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.69□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 STRADA-243ENST00000640086 1925 ntTSL 5 BASIC12.69□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 KDM2B-205ENST00000536437 2762 ntTSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 TMEM219-201ENST00000279396 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 LCE3A-201ENST00000335674 270 ntAPPRIS P1 BASIC12.69□□□□□ -0.38
CCDC54Q8NEL0 ARMCX1-201ENST00000372829 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.1 ms