Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
VPS4AQ9UN37 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC21.73■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
VPS4AQ9UN37 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.2 ms