Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC28BQ9BUN5 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC22.02■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC28BQ9BUN5 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.7 ms