Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SKA1Q96BD8 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.4 ms