Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4M1

SLC44A3, Choline transporter-like protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 653 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SLC44A3Q8N4M1 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
SLC44A3Q8N4M1 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
SLC44A3Q8N4M1 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
SLC44A3Q8N4M1 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
SLC44A3Q8N4M1 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
SLC44A3Q8N4M1 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
SLC44A3Q8N4M1 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
SLC44A3Q8N4M1 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SLC44A3Q8N4M1 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
SLC44A3Q8N4M1 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SLC44A3Q8N4M1 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SLC44A3Q8N4M1 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SLC44A3Q8N4M1 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SLC44A3Q8N4M1 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SLC44A3Q8N4M1 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SLC44A3Q8N4M1 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SLC44A3Q8N4M1 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SLC44A3Q8N4M1 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SLC44A3Q8N4M1 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SLC44A3Q8N4M1 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SLC44A3Q8N4M1 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SLC44A3Q8N4M1 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SLC44A3Q8N4M1 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SLC44A3Q8N4M1 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SLC44A3Q8N4M1 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SLC44A3Q8N4M1 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SLC44A3Q8N4M1 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SLC44A3Q8N4M1 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.1 ms