Protein–RNA interactions for Protein: P12110

COL6A2, Collagen alpha-2(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,019 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A2P12110 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A2P12110 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A2P12110 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A2P12110 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A2P12110 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A2P12110 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A2P12110 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A2P12110 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A2P12110 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A2P12110 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A2P12110 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A2P12110 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A2P12110 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A2P12110 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A2P12110 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A2P12110 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A2P12110 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A2P12110 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A2P12110 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A2P12110 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A2P12110 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A2P12110 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A2P12110 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A2P12110 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A2P12110 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A2P12110 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A2P12110 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A2P12110 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A2P12110 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A2P12110 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A2P12110 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
COL6A2P12110 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
COL6A2P12110 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
COL6A2P12110 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL6A2P12110 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.1 ms