Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
SNHG28P0DPA3 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SNHG28P0DPA3 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
SNHG28P0DPA3 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
SNHG28P0DPA3 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
SNHG28P0DPA3 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SNHG28P0DPA3 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SNHG28P0DPA3 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SNHG28P0DPA3 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SNHG28P0DPA3 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SNHG28P0DPA3 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
SNHG28P0DPA3 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
SNHG28P0DPA3 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
SNHG28P0DPA3 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
SNHG28P0DPA3 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
SNHG28P0DPA3 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC26.35■■□□□ 1.81
SNHG28P0DPA3 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
SNHG28P0DPA3 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
SNHG28P0DPA3 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
SNHG28P0DPA3 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
SNHG28P0DPA3 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SNHG28P0DPA3 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SNHG28P0DPA3 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
SNHG28P0DPA3 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
SNHG28P0DPA3 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SNHG28P0DPA3 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SNHG28P0DPA3 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
SNHG28P0DPA3 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC26.33■■□□□ 1.81
SNHG28P0DPA3 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
SNHG28P0DPA3 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC26.31■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC26.31■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC26.31■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC26.29■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC26.28■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SNHG28P0DPA3 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
SNHG28P0DPA3 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
SNHG28P0DPA3 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SNHG28P0DPA3 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SNHG28P0DPA3 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SNHG28P0DPA3 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SNHG28P0DPA3 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SNHG28P0DPA3 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC26.26■■□□□ 1.79
SNHG28P0DPA3 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SNHG28P0DPA3 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SNHG28P0DPA3 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
SNHG28P0DPA3 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
SNHG28P0DPA3 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
SNHG28P0DPA3 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
SNHG28P0DPA3 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
SNHG28P0DPA3 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
SNHG28P0DPA3 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
SNHG28P0DPA3 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SNHG28P0DPA3 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
SNHG28P0DPA3 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SNHG28P0DPA3 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
SNHG28P0DPA3 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SNHG28P0DPA3 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SNHG28P0DPA3 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
SNHG28P0DPA3 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SNHG28P0DPA3 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC26.24■■□□□ 1.79
SNHG28P0DPA3 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
SNHG28P0DPA3 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
SNHG28P0DPA3 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
SNHG28P0DPA3 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SNHG28P0DPA3 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SNHG28P0DPA3 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC26.24■■□□□ 1.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 95.2 ms