Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 RBM47-203ENST00000381795 4473 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
LIG1P18858 PRICKLE1-201ENST00000345127 5902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
LIG1P18858 AC015712.2-202ENST00000560068 3213 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 RABL6-211ENST00000629216 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 AP003555.1-202ENST00000511013 1755 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 CBX3-201ENST00000337620 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 SPRED1-201ENST00000299084 7780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 ZBTB20-215ENST00000481632 2800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 ESPN-201ENST00000377828 3531 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 ZNF747-202ENST00000395094 3504 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 ADAMTS14-201ENST00000373207 5260 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 MBNL1-205ENST00000355460 5941 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 VWA8-201ENST00000281496 3475 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 LY9-204ENST00000368039 1364 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 VWA5B2-202ENST00000426955 4120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 ACSM2A-202ENST00000396104 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 AC027612.1-201ENST00000445234 2395 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 TNK1-207ENST00000576812 3023 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 FKBP9-214ENST00000538336 3621 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 PTPRU-204ENST00000428026 5550 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 TSPAN11-201ENST00000261177 5505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 KIRREL2-203ENST00000360202 2942 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 C7orf57-204ENST00000435376 1925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 C7orf57-206ENST00000539619 1927 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 AC026992.2-202ENST00000565312 1934 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 PQLC2L-201ENST00000312275 1201 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 LRRC30-201ENST00000383467 923 ntAPPRIS P1 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 DSCR3-202ENST00000398998 988 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 AL121983.1-201ENST00000424181 335 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 C2orf27AP3-201ENST00000434123 579 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 AC103563.7-201ENST00000448734 478 ntTSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 AC022210.1-201ENST00000449856 793 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 AP000552.1-208ENST00000452952 576 ntTSL 4 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 SEPT7P9-202ENST00000489259 743 ntTSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 AL118558.1-202ENST00000557242 451 ntTSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 AC068473.4-201ENST00000587527 585 ntTSL 4 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 AL354718.3-201ENST00000616414 581 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 CR382287.1-201ENST00000623954 586 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 RAB34-222ENST00000625712 994 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 PFAS-212ENST00000625942 396 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 AL021395.1-201ENST00000611791 2232 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 PCDH8-201ENST00000338862 3708 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 PCDHB3-201ENST00000231130 3355 ntAPPRIS P1 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 CGB7-203ENST00000597853 3386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 PPP1R1B-205ENST00000579000 1466 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 PKD1P6-NPIPP1-202ENST00000605794 2902 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 ZNRF3-202ENST00000406323 2878 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 KRT74-203ENST00000549343 2858 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 RGS8-204ENST00000483095 1432 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
LIG1P18858 CARHSP1-220ENST00000619881 2849 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 WDR59-201ENST00000262144 5898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 SNX19-211ENST00000533214 3096 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 SIRT2-202ENST00000358931 1912 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 PLPPR1-201ENST00000374874 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 TMEM51-204ENST00000428417 1942 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 UBR5-212ENST00000521922 9008 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 RFESD-201ENST00000311364 2722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 FAM213A-203ENST00000372187 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 SFSWAP-210ENST00000541286 3219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 CEP164-201ENST00000278935 5630 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 ANKRD36BP2-202ENST00000421951 1899 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 FAM118B-210ENST00000627851 1862 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 MARS-201ENST00000262027 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 DDX59-206ENST00000447706 2900 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 ARHGEF9-230ENST00000637178 2145 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 ADAM33-207ENST00000619289 3195 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 LRP8-201ENST00000306052 7648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 CCDC51-204ENST00000442740 1554 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 ZNF516-201ENST00000443185 8118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 PSME3-203ENST00000541124 3366 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 SLC22A12-202ENST00000377567 2599 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 AFAP1-203ENST00000382543 2590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 HIPK3-201ENST00000303296 7408 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 POLDIP3-202ENST00000339677 783 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 NAA10-201ENST00000370009 837 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 NAA10-203ENST00000370015 1002 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 ZG16B-201ENST00000382280 831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 BLVRA-202ENST00000402924 1161 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 USB1-202ENST00000423271 1217 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 ADAMTSL1-210ENST00000431052 824 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 AC016694.1-201ENST00000434179 700 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 HCST-202ENST00000437550 445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 LIMS3-201ENST00000437679 1220 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 KCNQ1-AS1-201ENST00000440887 1084 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 KLF2P4-201ENST00000451959 1225 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 ELFN1-AS1-202ENST00000453348 637 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 AC104989.1-201ENST00000519711 778 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 DHRS7C-202ENST00000571134 984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 SCGB1C2-201ENST00000595228 478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 MIR6805-201ENST00000615055 62 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 AC233723.1-201ENST00000635921 386 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 MAX-205ENST00000358664 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 CYB561D2-202ENST00000418577 1533 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 NTRK2-201ENST00000277120 8633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 MGAT1-202ENST00000333055 8863 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 KHSRPP1-201ENST00000427983 1768 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 CFAP157-206ENST00000614677 1796 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 AC072061.1-201ENST00000569710 2234 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 LINC02346-201ENST00000383019 1967 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
LIG1P18858 LETMD1-235ENST00000552739 1713 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.7 ms