RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000428026.6

PTPRU-204, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type U, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRU, Length 5,550 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRU-204ENST00000428026 DCAF8L2P0C7V8 631 aa25.45■■□□□ 1.66
PTPRU-204ENST00000428026 NISCHQ9Y2I1 1504 aa24.99■■□□□ 1.59
PTPRU-204ENST00000428026 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP23.66■■□□□ 1.38
PTPRU-204ENST00000428026 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa23.58■■□□□ 1.36
PTPRU-204ENST00000428026 EHMT2Q96KQ7 1210 aa23.2■■□□□ 1.31
PTPRU-204ENST00000428026 PELP1Q8IZL8 1130 aaKnown RBP23.11■■□□□ 1.29
PTPRU-204ENST00000428026 PCGF6Q9BYE7 350 aa22.69■■□□□ 1.22
PTPRU-204ENST00000428026 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP22.5■■□□□ 1.19
PTPRU-204ENST00000428026 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP22.41■■□□□ 1.18
PTPRU-204ENST00000428026 APLP2Q06481 763 aa22.39■■□□□ 1.17
PTPRU-204ENST00000428026 CENPBP07199 599 aaPredicted RBP22.36■■□□□ 1.17
PTPRU-204ENST00000428026 ERICH6Q7L0X2 663 aa22.36■■□□□ 1.17
PTPRU-204ENST00000428026 MYT1Q01538 1121 aa22.21■■□□□ 1.15
PTPRU-204ENST00000428026 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP22.1■■□□□ 1.13
PTPRU-204ENST00000428026 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP22.08■■□□□ 1.12
PTPRU-204ENST00000428026 YTHDC1Q96MU7 727 aaKnown RBP22.05■■□□□ 1.12
PTPRU-204ENST00000428026 ABCC9O60706 1549 aa22.02■■□□□ 1.12
PTPRU-204ENST00000428026 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP21.96■■□□□ 1.11
PTPRU-204ENST00000428026 TRIM41Q8WV44 630 aa21.85■■□□□ 1.09
PTPRU-204ENST00000428026 NEFLP07196 543 aa21.78■■□□□ 1.08
PTPRU-204ENST00000428026 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP21.75■■□□□ 1.07
PTPRU-204ENST00000428026 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP21.7■■□□□ 1.06
PTPRU-204ENST00000428026 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP21.65■■□□□ 1.06
PTPRU-204ENST00000428026 UBTFP17480 764 aaKnown RBP21.58■■□□□ 1.04
PTPRU-204ENST00000428026 HRCP23327 699 aa21.55■■□□□ 1.04
PTPRU-204ENST00000428026 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP21.41■■□□□ 1.02
PTPRU-204ENST00000428026 DAXXQ9UER7 740 aaPredicted RBP21.18■□□□□ 0.98
PTPRU-204ENST00000428026 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa21.13■□□□□ 0.97
PTPRU-204ENST00000428026 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP21.11■□□□□ 0.97
PTPRU-204ENST00000428026 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP21.11■□□□□ 0.97
PTPRU-204ENST00000428026 ITGAEP38570 1179 aa21.08■□□□□ 0.97
PTPRU-204ENST00000428026 POLR3GLQ9BT43 218 aa21.06■□□□□ 0.96
PTPRU-204ENST00000428026 CNGB1Q14028 1251 aaPredicted RBP21.04■□□□□ 0.96
PTPRU-204ENST00000428026 MYT1LQ9UL68 1186 aa20.97■□□□□ 0.95
PTPRU-204ENST00000428026 DIEXFQ68CQ4 756 aaKnown RBP20.95■□□□□ 0.94
PTPRU-204ENST00000428026 RTL5Q5HYW3 569 aaPredicted RBP20.89■□□□□ 0.94
PTPRU-204ENST00000428026 CHIC1Q5VXU3 224 aa20.87■□□□□ 0.93
PTPRU-204ENST00000428026 GTF3C3Q9Y5Q9 886 aa20.85■□□□□ 0.93
PTPRU-204ENST00000428026 BCANQ96GW7 911 aa20.8■□□□□ 0.92
PTPRU-204ENST00000428026 FBLN2P98095 1184 aa20.8■□□□□ 0.92
PTPRU-204ENST00000428026 SCRIBQ14160 1630 aa20.78■□□□□ 0.92
PTPRU-204ENST00000428026 ZNF316A6NFI3 1004 aaPredicted RBP20.73■□□□□ 0.91
PTPRU-204ENST00000428026 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa20.66■□□□□ 0.9
PTPRU-204ENST00000428026 CLSPNQ9HAW4 1339 aa20.65■□□□□ 0.9
PTPRU-204ENST00000428026 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP20.62■□□□□ 0.89
PTPRU-204ENST00000428026 SLC4A1APQ9BWU0 796 aaKnown RBP20.45■□□□□ 0.87
PTPRU-204ENST00000428026 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP20.44■□□□□ 0.86
PTPRU-204ENST00000428026 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa20.44■□□□□ 0.86
PTPRU-204ENST00000428026 ACIN1Q9UKV3 1341 aaKnown RBP20.42■□□□□ 0.86
PTPRU-204ENST00000428026 NEUROD1Q13562 356 aa20.42■□□□□ 0.86
PTPRU-204ENST00000428026 ARID3CA6NKF2 412 aa20.35■□□□□ 0.85
PTPRU-204ENST00000428026 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP20.35■□□□□ 0.85
PTPRU-204ENST00000428026 P3H3Q8IVL6 736 aa20.35■□□□□ 0.85
PTPRU-204ENST00000428026 ANP32CO43423 234 aa20.29■□□□□ 0.84
PTPRU-204ENST00000428026 TRIM52Q96A61 297 aa20.25■□□□□ 0.83
PTPRU-204ENST00000428026 CSRNP3Q8WYN3 585 aa20.21■□□□□ 0.83
PTPRU-204ENST00000428026 NACADO15069 1562 aa20.18■□□□□ 0.82
PTPRU-204ENST00000428026 EIF5BO60841 1220 aaKnown RBP20.18■□□□□ 0.82
PTPRU-204ENST00000428026 ZNF326Q5BKZ1 582 aaKnown RBP20.16■□□□□ 0.82
PTPRU-204ENST00000428026 NPM2Q86SE8 214 aaKnown RBP20.13■□□□□ 0.81
PTPRU-204ENST00000428026 BCL11AQ9H165 835 aa20.13■□□□□ 0.81
PTPRU-204ENST00000428026 ANP32AP39687 249 aaKnown RBP20.11■□□□□ 0.81
PTPRU-204ENST00000428026 FKBP8Q14318 412 aa20.05■□□□□ 0.8
PTPRU-204ENST00000428026 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP20.02■□□□□ 0.8
PTPRU-204ENST00000428026 CANXP27824 592 aaKnown RBP19.99■□□□□ 0.79
PTPRU-204ENST00000428026 NPM1P06748 294 aaKnown RBP eCLIP19.97■□□□□ 0.79
PTPRU-204ENST00000428026 ZBTB47Q9UFB7 747 aaPredicted RBP19.97■□□□□ 0.79
PTPRU-204ENST00000428026 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP19.97■□□□□ 0.79
PTPRU-204ENST00000428026 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP19.93■□□□□ 0.78
PTPRU-204ENST00000428026 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP19.91■□□□□ 0.78
PTPRU-204ENST00000428026 NBR1Q14596 966 aa19.89■□□□□ 0.77
PTPRU-204ENST00000428026 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP19.88■□□□□ 0.77
PTPRU-204ENST00000428026 PLPPR3Q6T4P5 718 aa19.82■□□□□ 0.76
PTPRU-204ENST00000428026 ERCC6Q03468 1493 aa19.8■□□□□ 0.76
PTPRU-204ENST00000428026 HNRNPUQ00839 825 aaKnown RBP eCLIP19.79■□□□□ 0.76
PTPRU-204ENST00000428026 SLC24A1O60721 1099 aa19.77■□□□□ 0.76
PTPRU-204ENST00000428026 ESF1Q9H501 851 aaKnown RBP19.76■□□□□ 0.75
PTPRU-204ENST00000428026 DDX10Q13206 875 aaKnown RBP19.74■□□□□ 0.75
PTPRU-204ENST00000428026 ARXQ96QS3 562 aa19.73■□□□□ 0.75
PTPRU-204ENST00000428026 CECR2Q9BXF3 1484 aa19.73■□□□□ 0.75
PTPRU-204ENST00000428026 FAM9BQ8IZU0 186 aa19.72■□□□□ 0.75
PTPRU-204ENST00000428026 ANP32BQ92688 251 aaKnown RBP19.71■□□□□ 0.75
PTPRU-204ENST00000428026 GLIPR1L2Q4G1C9 344 aa19.7■□□□□ 0.74
PTPRU-204ENST00000428026 SALL2Q9Y467 1007 aaPredicted RBP19.68■□□□□ 0.74
PTPRU-204ENST00000428026 HSP90AA1P07900 732 aaKnown RBP19.67■□□□□ 0.74
PTPRU-204ENST00000428026 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa19.66■□□□□ 0.74
PTPRU-204ENST00000428026 IRX6P78412 446 aaPredicted RBP19.65■□□□□ 0.74
PTPRU-204ENST00000428026 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP19.64■□□□□ 0.73
PTPRU-204ENST00000428026 MIER1Q8N108 512 aa19.62■□□□□ 0.73
PTPRU-204ENST00000428026 CCDC136Q96JN2 1154 aa19.62■□□□□ 0.73
PTPRU-204ENST00000428026 KCNH8Q96L42 1107 aa19.6■□□□□ 0.73
PTPRU-204ENST00000428026 NEFMP07197 916 aa19.6■□□□□ 0.73
PTPRU-204ENST00000428026 CHGAP10645 457 aaKnown RBP19.59■□□□□ 0.73
PTPRU-204ENST00000428026 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP19.59■□□□□ 0.73
PTPRU-204ENST00000428026 STAG3Q9UJ98 1225 aa19.57■□□□□ 0.72
PTPRU-204ENST00000428026 CHIC2Q9UKJ5 165 aa19.57■□□□□ 0.72
PTPRU-204ENST00000428026 UPF2Q9HAU5 1272 aaKnown RBP19.57■□□□□ 0.72
PTPRU-204ENST00000428026 TONSLQ96HA7 1378 aa19.54■□□□□ 0.72
PTPRU-204ENST00000428026 GRWD1Q9BQ67 446 aaKnown RBP eCLIP19.53■□□□□ 0.72
PTPRU-204ENST00000428026 MTUS2Q5JR59 1369 aa19.48■□□□□ 0.71
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 97.8 ms