Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 CAMKV-217ENST00000620470 1485 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC112Q8NEF3 NUP153-203ENST00000613258 5811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC112Q8NEF3 TXNDC5-204ENST00000473453 1301 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC112Q8NEF3 DNMT3B-202ENST00000328111 4336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC112Q8NEF3 OSBPL1A-201ENST00000319481 4195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC112Q8NEF3 SLC6A5-202ENST00000525748 7084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC112Q8NEF3 R3HDM2-204ENST00000402412 4372 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC112Q8NEF3 CRYBG1-201ENST00000369066 7553 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC112Q8NEF3 LINC01257-201ENST00000376678 2473 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
CCDC112Q8NEF3 IRF6-204ENST00000542854 4256 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 FAM124B-201ENST00000243806 2030 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 CCT2-201ENST00000299300 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 STAG3-206ENST00000426455 4450 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 LGALS9-201ENST00000302228 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 SMAD2-212ENST00000591214 1714 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 GABPB1-201ENST00000220429 2726 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 RTFDC1-203ENST00000395881 1572 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 ABCC6-201ENST00000205557 5747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 AGAP10P-201ENST00000454844 2418 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 OCRL-201ENST00000357121 5138 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 FKBP9-214ENST00000538336 3621 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 SALL4P5-201ENST00000419001 1760 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 C16orf92-201ENST00000300575 895 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 MRPL55-202ENST00000336300 722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 MRPL55-206ENST00000366732 722 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 PDGFB-202ENST00000381551 1125 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 FAM122C-203ENST00000414371 2119 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 AL513327.2-201ENST00000432703 490 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 COMT-209ENST00000449653 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 GLI4-203ENST00000517468 963 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 PXN-AS1-204ENST00000542265 854 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 RPL28-205ENST00000558131 444 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 COX5A-203ENST00000564811 568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 UGGT2-212ENST00000621375 1004 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 AC010507.1-202ENST00000633286 381 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 AP4M1-206ENST00000429084 1836 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 TMEM2-202ENST00000377044 6523 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 AC015802.6-201ENST00000640006 5654 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 CCDC140-201ENST00000295226 1699 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 AL138799.1-201ENST00000448213 1675 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 SNUPN-206ENST00000564675 1682 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 IGHA1-202ENST00000641837 1310 ntAPPRIS P5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 ICOSLG-202ENST00000400377 2907 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 CAMKV-215ENST00000488336 2905 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 GEM-201ENST00000297596 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 TRHDE-AS1-201ENST00000426250 3684 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 FASN-201ENST00000306749 8565 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 SIGLEC6-201ENST00000343300 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 POLD3-208ENST00000532497 1700 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 KLHL9-201ENST00000359039 5710 ntAPPRIS P1 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 TCN2-202ENST00000405742 1936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 DNAJA4-206ENST00000446172 1399 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 BCL2L2-PABPN1-203ENST00000557008 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 CALM3-212ENST00000599839 1355 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 MEAF6-204ENST00000373075 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 NMNAT3-201ENST00000296202 1569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 RGS9-201ENST00000262406 2375 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 EMC10-201ENST00000334976 9446 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 ARAP1-201ENST00000334211 4942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 KIFC3-211ENST00000562903 3221 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 MLPH-201ENST00000264605 3823 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 MRPL58-201ENST00000301585 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 UBE2G2-201ENST00000330942 721 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 CYB561D1-202ENST00000369868 1085 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 C11orf88-202ENST00000375618 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 CPLX2-202ENST00000393745 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 AC007969.1-201ENST00000433675 447 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 LINC01336-202ENST00000506086 479 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 AC124067.4-202ENST00000522471 397 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 LINC02387-201ENST00000541749 868 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 TAPBPL-205ENST00000544021 772 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 SHBG-212ENST00000575314 1146 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 TRAPPC6A-202ENST00000585934 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 SMCO4-206ENST00000596676 180 ntAPPRIS P1 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 AP001059.3-201ENST00000619053 235 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 MAGED4B-211ENST00000497164 2482 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 TRIM69-206ENST00000559390 2486 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 AL121827.1-201ENST00000370257 3264 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 DGKD-201ENST00000264057 6297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 DISC1-221ENST00000620189 6689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 PTH2R-201ENST00000272847 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 SMYD3-214ENST00000490107 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 SEPT7-202ENST00000399034 4399 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 AL583722.1-201ENST00000540171 1307 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 MRPL37P1-201ENST00000592451 1337 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 WNT5A-202ENST00000474267 6042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 CENPL-202ENST00000356198 2357 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 ZNF772-204ENST00000427512 5130 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 AL445209.1-201ENST00000607269 3491 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 RNF183-203ENST00000441031 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 NCF2-201ENST00000367535 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 GPR84-202ENST00000551809 2041 ntAPPRIS P1 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 MLLT3-210ENST00000630269 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 KCNMA1-216ENST00000457953 3976 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 MAGEB2-201ENST00000378988 1610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 GTF2IRD2-201ENST00000451013 3558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 AC015688.4-201ENST00000580780 1647 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 ACSM2A-202ENST00000396104 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 LINC02135-201ENST00000599486 2065 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CCDC112Q8NEF3 LINC00299-202ENST00000442956 2342 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 73.3 ms