Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 OR4D1-202ENST00000641449 4925 ntAPPRIS P1 BASIC18.52■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 APAF1-201ENST00000333991 4539 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 SULT2A1-201ENST00000222002 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 AC013472.1-203ENST00000380387 1966 ntTSL 4 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 STAT1-203ENST00000392323 2723 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 MARVELD1-201ENST00000285605 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 COL11A2-202ENST00000361917 6104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 GPRASP1-205ENST00000537097 5980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 LINC01725-203ENST00000417975 3177 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 ALDOA-228ENST00000627059 2402 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 RN7SL832P-201ENST00000607781 1756 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 CCNA1-204ENST00000630422 1751 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 SLC8B1-201ENST00000202831 2975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 TMEM40-201ENST00000264728 984 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 C2orf70-201ENST00000329615 731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 RPP25L-202ENST00000378959 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 CD300A-204ENST00000392625 1163 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 LINC01006-204ENST00000435354 545 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 Z82198.1-201ENST00000447396 437 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 DCTD-213ENST00000510370 794 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 AC040162.4-201ENST00000574912 1185 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 HPN-206ENST00000597419 1212 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 LINC01783-202ENST00000614408 828 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 BX284668.2-205ENST00000619677 828 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 RPL15-201ENST00000307839 2730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 BPI-201ENST00000262865 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 PLAG1-203ENST00000429357 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 NAA60-214ENST00000572584 2450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 FGGY-203ENST00000371212 1640 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 VDAC1-201ENST00000265333 1953 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 PAX7-202ENST00000400661 1700 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 SUGP2-202ENST00000337018 3640 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 ELOA-204ENST00000613537 4924 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 XPO6-201ENST00000304658 4422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 RNASE4-203ENST00000555835 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 DUS2-201ENST00000358896 1933 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 NANOS1-202ENST00000425699 4017 ntAPPRIS P2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 NUP54-217ENST00000514987 1563 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 INHBA-205ENST00000638023 2002 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 ESS2-201ENST00000252137 5392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 STX1B-201ENST00000215095 4697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 RPH3AL-201ENST00000323434 2809 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 ARAP1-203ENST00000393605 4778 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 ZFY-201ENST00000155093 5239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 IRF8-201ENST00000268638 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 RER1-209ENST00000605895 3044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 AC004754.1-201ENST00000600536 2242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 LINC00905-203ENST00000588838 1414 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 KNSTRN-202ENST00000416151 1899 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 CYP4F3-203ENST00000586182 2338 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 SHISA9-201ENST00000423335 4043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 NXPH3-202ENST00000513748 1530 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 PPP2R5D-202ENST00000394110 2894 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 SYT5-201ENST00000354308 3792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 SEMA4F-210ENST00000611975 6007 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 EPS8L2-231ENST00000614442 3188 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 HPD-204ENST00000543163 1709 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 CNOT8-204ENST00000517876 2708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 SSBP1-201ENST00000265304 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 SYNGR1-204ENST00000381535 1295 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 ACTG1P2-201ENST00000415776 1125 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 ACTG1P11-201ENST00000425411 1125 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 AC106786.1-201ENST00000442777 792 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 MAGEA5-201ENST00000446757 942 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 SNHG14-206ENST00000450809 677 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 UPF3AP2-201ENST00000457924 1132 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 HOXB-AS3-206ENST00000474040 741 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 TSACC-208ENST00000481479 741 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 AC008723.1-201ENST00000506922 207 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 HOXA10-AS-202ENST00000519935 1161 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 TP53AIP1-204ENST00000530777 363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 AC099811.3-201ENST00000586351 425 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 BX537318.1-201ENST00000608290 1207 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 ASNA1-205ENST00000611688 1214 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 CCNL1-202ENST00000295926 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 VASH2-204ENST00000366966 1369 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 TRIP10-208ENST00000596758 1920 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 UBE3A-207ENST00000614096 8741 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 SOWAHA-201ENST00000378693 3211 ntAPPRIS P1 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 EML1-201ENST00000262233 4535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 ASCC2-201ENST00000307790 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 RASA4B-207ENST00000541662 2794 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 AP002353.1-201ENST00000528257 1599 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 DDX56-201ENST00000258772 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 LRP5L-202ENST00000402859 1661 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 DLGAP1-214ENST00000539435 2402 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 LRIF1-202ENST00000485275 1796 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 CFAP53-201ENST00000398545 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 ITPK1-201ENST00000267615 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 DNAJA1-201ENST00000330899 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 FAM8A1-201ENST00000259963 4677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 KIF1C-201ENST00000320785 7919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 NID2-208ENST00000617139 3827 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 P3H1-201ENST00000236040 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 SYBU-208ENST00000440310 3072 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 PPFIA3-203ENST00000602351 4341 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 PAQR6-204ENST00000356983 2143 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 GLIPR1L2-204ENST00000550916 2609 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 DDX59-206ENST00000447706 2900 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHMP4AQ9BY43 RBFOX3-211ENST00000583458 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.6 ms