Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 INTS11-204ENST00000421495 1868 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 AC018529.2-202ENST00000611482 3087 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 GDF11-201ENST00000257868 8657 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 EEF1AKMT3-201ENST00000300209 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 PXN-221ENST00000637617 3246 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 KCTD3-201ENST00000259154 3931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 R3HDM2P2-201ENST00000401880 2116 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 IRF2BP2-201ENST00000366609 4663 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 FXYD5-201ENST00000342879 1580 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 C12orf76-209ENST00000615315 1580 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 FLI1-205ENST00000527786 4127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 CDC37-201ENST00000222005 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 CYP4F3-203ENST00000586182 2338 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 LRRK1-201ENST00000388948 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 AC006504.5-208ENST00000588784 2401 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 KLHL33-203ENST00000637228 5404 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 PODN-202ENST00000371500 3287 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 CYB561D1-204ENST00000420578 3326 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 TP53I11-208ENST00000525680 2647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 ENAH-203ENST00000366843 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 SLC26A11-203ENST00000546047 2807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 GLIS2-201ENST00000262366 4469 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 GPR17-201ENST00000272644 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 COX4I1-201ENST00000253452 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 ALKBH2-201ENST00000343075 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 THAP4-202ENST00000402136 785 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 GSTK1-202ENST00000409500 888 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 LINC00278-201ENST00000425031 528 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 DGUOK-AS1-202ENST00000439192 563 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 AP000696.1-201ENST00000457669 1133 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 CLDN11-207ENST00000486975 1139 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 AC008438.1-201ENST00000507521 549 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 FADS2-212ENST00000522639 360 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 AC103988.2-201ENST00000561804 725 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 FADS2-215ENST00000574708 385 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 AP000346.4-201ENST00000614827 381 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 DUS4L-201ENST00000265720 2220 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 LINC02405-201ENST00000512624 1361 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 F10-203ENST00000409306 1450 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 SPERT-204ENST00000610924 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 NOTCH4-201ENST00000375023 6745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 SLC35G2-201ENST00000393079 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 AL024498.2-201ENST00000480294 1589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 PPIL2-212ENST00000626352 2625 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 MVK-214ENST00000629016 1591 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 MUM1-201ENST00000415183 2837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 GPKOW-201ENST00000156109 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 PUS1-202ENST00000376649 4094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 AC092135.3-201ENST00000624151 1846 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 GOLGA8R-201ENST00000327271 1896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 AKAP2-203ENST00000434623 4400 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 AC114490.1-201ENST00000417456 3163 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 NATD1-201ENST00000611551 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 GOSR2-203ENST00000415811 2171 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 TMEM209-202ENST00000462753 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 FOXRED2-201ENST00000216187 3933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 CDH23-202ENST00000299366 3954 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 USP47-207ENST00000527733 4525 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 STAT1-203ENST00000392323 2723 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 FER1L4-213ENST00000621044 2778 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 RGPD6-202ENST00000330331 2848 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 RGPD8-202ENST00000330575 2848 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 AC025674.2-201ENST00000522622 2971 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 COX8C-201ENST00000342144 533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 CRYBA4-201ENST00000354760 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 HLA-DQB2-229ENST00000411527 1059 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 HNRNPA1P27-201ENST00000412087 955 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 AL132639.2-202ENST00000553520 467 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 AL161670.2-201ENST00000557650 1227 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 PAM16-211ENST00000575848 518 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 PAM16-214ENST00000576217 493 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 AC010336.6-201ENST00000595107 528 ntTSL 4 BASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 DDX5-235ENST00000630471 473 ntTSL 4 BASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 ID2-203ENST00000396290 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 ARMCX4-202ENST00000423738 7424 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 EPB41L3-201ENST00000341928 4706 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 UBE4B-201ENST00000253251 4772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 FARS2-202ENST00000324331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 AC026688.2-201ENST00000518984 1734 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 DNAJC7-202ENST00000426588 1774 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 AC023632.2-201ENST00000523011 1789 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 POMK-201ENST00000331373 1865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 CATSPER4-202ENST00000456354 1912 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 ABCA7-201ENST00000263094 6816 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 LRRTM1-201ENST00000295057 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 CCHCR1-208ENST00000451521 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 LIMK2-203ENST00000340552 2789 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 CA10-201ENST00000285273 2914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 AC007191.1-201ENST00000623179 2995 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 GTF2IRD1-201ENST00000265755 3430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 VARS2-211ENST00000541562 3566 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 TLL1-201ENST00000061240 6708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 UBE3A-207ENST00000614096 8741 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 KIAA1468-201ENST00000256858 5579 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 TSPAN11-201ENST00000261177 5505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 ABTB2-201ENST00000435224 4902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 KCNC1-201ENST00000265969 4295 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 USP38-202ENST00000510377 4135 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 DNM1-203ENST00000393594 3245 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
NUP88Q99567 MED16-203ENST00000325464 2922 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.1 ms