Protein–RNA interactions for Protein: Q969F9

HPS3, Hermansky-Pudlak syndrome 3 protein, humanhuman

Predictions only

Length 1,004 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HPS3Q969F9 LCMT1-203ENST00000399069 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 NEU2-201ENST00000233840 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 SRP14-201ENST00000267884 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 SPAG11B-203ENST00000359758 612 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 SHBG-202ENST00000380450 1271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 SYNPR-202ENST00000450542 1004 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 SNHG14-209ENST00000456576 544 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 GDNF-AS1-201ENST00000503382 604 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 NCK2-206ENST00000522586 490 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 IGHV3-71-201ENST00000523324 359 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 MFF-223ENST00000524634 647 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 FLJ27354-203ENST00000526694 851 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 CYBA-208ENST00000567174 1085 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 MT1H-202ENST00000569155 697 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 C1QTNF1-AS1-202ENST00000581579 865 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 LCN8-205ENST00000612714 638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 COX11-210ENST00000639671 696 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 FAAP100-201ENST00000327787 3627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 TMPRSS6-203ENST00000406725 3122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 SLC38A9-202ENST00000396865 2927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 CEP70-201ENST00000264982 2732 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 SEPT6-204ENST00000360156 2609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 LINC02551-202ENST00000533812 2203 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 AL021395.1-201ENST00000611791 2232 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 DRC3-203ENST00000399187 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 MUTYH-210ENST00000450313 1929 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 FAS-202ENST00000352159 1722 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 CRHR2-202ENST00000348438 1600 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 AL359915.2-205ENST00000418015 1529 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 SMTN-223ENST00000619644 3227 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 PSMD8-209ENST00000602911 1330 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 LBH-201ENST00000395323 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 PKD1P6-NPIPP1-202ENST00000605794 2902 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 AC011474.4-201ENST00000623523 2076 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 DCUN1D3-201ENST00000324344 6162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 UBAP1-202ENST00000359544 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 HELZ2-202ENST00000427522 7827 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 ERC1-219ENST00000546231 4390 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 C2-205ENST00000418949 1658 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 AC244394.1-201ENST00000435000 1665 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 OGFOD1-209ENST00000568397 1681 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 CLEC12A-AS1-201ENST00000420905 3956 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 BSDC1-203ENST00000419121 1473 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 PTBP1-221ENST00000635647 3691 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 TCL1A-203ENST00000554012 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 BAG4-201ENST00000287322 4453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 TRIM23-202ENST00000274327 1829 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 COG3-206ENST00000617493 1809 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 FUNDC2-201ENST00000369498 6455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 EIF3G-201ENST00000253108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 CD164L2-203ENST00000374030 993 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 AK6-201ENST00000380818 1183 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 SUMO1-204ENST00000409181 784 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 SUMO1-207ENST00000409498 779 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 RASA3-IT1-201ENST00000454005 380 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 RNF216P1-213ENST00000494947 946 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 SBSN-202ENST00000518157 957 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 ATXN2-AS-201ENST00000547021 485 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 CD63-214ENST00000552692 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 AC132192.2-201ENST00000596206 1147 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 AC009955.4-201ENST00000597192 544 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 COPS9-205ENST00000607357 418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 CYP1B1-AS1-221ENST00000627172 995 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 PHAX-201ENST00000297540 4288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 NMNAT3-203ENST00000413939 1711 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 HIF3A-206ENST00000472815 1709 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 ZFAND6-222ENST00000613266 1729 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 CPEB3-201ENST00000265997 4851 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 JRK-210ENST00000614134 8932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 FZD4-201ENST00000531380 7383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 EVL-201ENST00000392920 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 SMPDL3B-201ENST00000373888 1548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 ZBTB7B-202ENST00000368426 3594 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 WNT7B-201ENST00000339464 3919 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 TRAF3-202ENST00000351691 2239 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 LINC01671-201ENST00000419628 1775 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 SFMBT1-201ENST00000394752 4548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 NRAS-201ENST00000369535 4449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 RNF41-202ENST00000394013 2452 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 CYLD-202ENST00000398568 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 CPN2-202ENST00000429275 2008 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 PDPR-202ENST00000398122 2734 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 IKBKB-217ENST00000520810 3086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 ELP4-201ENST00000350638 1907 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 ZBTB10-203ENST00000430430 10132 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 FAM149A-203ENST00000389354 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 RPL13-204ENST00000452368 1455 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 TBC1D3-201ENST00000620215 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 TBC1D3C-201ENST00000622206 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 FAM46C-201ENST00000369448 5751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 JPH1-201ENST00000342232 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 SLC41A1-201ENST00000367137 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 TNFRSF1B-201ENST00000376259 3683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 AC082651.4-201ENST00000483023 1852 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 FZR1-201ENST00000313639 1215 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 ANAPC11-202ENST00000357385 881 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 PRAF2-201ENST00000376386 801 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 IFT20-203ENST00000395418 825 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 AL645933.1-201ENST00000440087 609 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
HPS3Q969F9 KRT223P-202ENST00000449164 1292 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 141.4 ms