Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4P3

HDDC3, Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1, humanhuman

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Length 179 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDDC3Q8N4P3 RASA4B-202ENST00000465829 2931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 AP002990.1-202ENST00000496634 5064 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 CUX1-214ENST00000550008 4350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 ZNF365-205ENST00000395254 4173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 CAMSAP3-202ENST00000446248 4179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 WHRN-202ENST00000362057 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 KLF5-201ENST00000377687 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 SYN1-202ENST00000340666 3172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 CYP4F11-203ENST00000402119 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 LMNB1-201ENST00000261366 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 ENAH-203ENST00000366843 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 KHK-201ENST00000260598 2397 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 PCSK2-205ENST00000536609 2275 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 RASGEF1C-206ENST00000522500 2055 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 CLEC18C-210ENST00000569347 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 TNF-208ENST00000449264 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 AGER-201ENST00000375055 1369 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 TOB1-AS1-201ENST00000416263 1351 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 LINC00334-203ENST00000638500 1377 ntTSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 RPS9-201ENST00000302907 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 CRB3-201ENST00000308243 631 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 NUP210P1-201ENST00000357061 876 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 NCR3-202ENST00000376071 541 ntTSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 TMEM14B-202ENST00000379542 975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 IDI2-AS1-201ENST00000420381 672 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 XBP1P1-201ENST00000436573 652 ntBASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 AC078991.1-201ENST00000437297 610 ntBASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 IKBKB-212ENST00000519735 1166 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 AL031713.1-201ENST00000564813 661 ntBASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 ZNF772-207ENST00000601768 482 ntTSL 3 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 TLDC2-203ENST00000602922 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 AL031665.1-201ENST00000619766 572 ntTSL 4 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 ROPN1-211ENST00000620893 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 AC051619.9-201ENST00000623237 597 ntBASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 AC009084.3-201ENST00000623356 437 ntBASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 AC004706.3-207ENST00000634823 977 ntTSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 EIF2AK4-208ENST00000559624 3548 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 MAGED4B-207ENST00000485287 2618 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
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HDDC3Q8N4P3 SLC35C2-213ENST00000543605 5740 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 CXorf40A-209ENST00000441248 2411 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 UPF3B-202ENST00000345865 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 TSSC2-204ENST00000529482 2337 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
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HDDC3Q8N4P3 MLF1-201ENST00000355893 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
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HDDC3Q8N4P3 ACSS2-202ENST00000360596 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 PAK1IP1-201ENST00000379568 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 TLL1-206ENST00000513213 1829 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 ZFAND5-205ENST00000376962 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
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HDDC3Q8N4P3 RNF32-202ENST00000317955 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
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HDDC3Q8N4P3 TMEM50A-201ENST00000374358 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
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HDDC3Q8N4P3 EEF1AKMT3-201ENST00000300209 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
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HDDC3Q8N4P3 PBDC1-201ENST00000373357 977 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 LINC01237-201ENST00000415434 573 ntTSL 4 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 RPS9P1-201ENST00000419943 583 ntBASIC14.65□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 APOL3-207ENST00000424878 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 LAMA4-209ENST00000453937 645 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 HOXA10-AS-202ENST00000519935 1161 ntTSL 3 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 IGHVIII-5-2-201ENST00000522505 261 ntBASIC14.65□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 CFL1-206ENST00000527344 962 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 AL132709.1-203ENST00000555103 569 ntTSL 4 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 TPM1-223ENST00000560445 485 ntTSL 3 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 AC010754.1-201ENST00000582300 1061 ntTSL 3 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 AC137723.1-201ENST00000584705 709 ntTSL 3 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 AC087045.2-201ENST00000606279 1003 ntBASIC14.65□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 AC092171.5-201ENST00000608012 942 ntBASIC14.65□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 CUTA-215ENST00000611509 1199 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 AC007728.2-201ENST00000563315 2296 ntTSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 CAMK2D-205ENST00000394524 5294 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 ZNF302-207ENST00000505365 2955 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 IRF2BP2-201ENST00000366609 4663 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 RNFT2-203ENST00000392549 2896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 TARS2-203ENST00000369054 1998 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 TMEM189-203ENST00000371656 1973 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HDDC3Q8N4P3 SMPDL3B-201ENST00000373888 1548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
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