Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 IL17RA-204ENST00000612619 8506 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 CD34-203ENST00000367036 2538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 DNAAF5-202ENST00000403952 1907 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 FAM13B-201ENST00000033079 5465 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 ODF3-201ENST00000325113 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 GTPBP1-201ENST00000216044 5126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 VPS9D1-202ENST00000561976 2791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 TARDBP-201ENST00000240185 5367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 IL21R-204ENST00000564089 3009 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 KANK2-205ENST00000589359 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 PXYLP1-201ENST00000286353 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 ALG5-201ENST00000239891 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 POLR2J-201ENST00000292614 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 TNNI1-203ENST00000367312 1100 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 GK-202ENST00000378941 458 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 VCX3B-202ENST00000381032 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 MXI1-205ENST00000393134 889 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 SUN1-204ENST00000403868 978 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 PGF-202ENST00000405431 666 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 NAALADL1-208ENST00000528884 973 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 BX927359.1-201ENST00000556073 543 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 PIGL-212ENST00000581006 554 ntTSL 4 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 AC025181.2-201ENST00000606994 802 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 CTSA-202ENST00000354880 1820 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 PHYH-203ENST00000396920 1829 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 C7orf65-201ENST00000408988 2911 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 TNPO2-218ENST00000592287 2914 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 ECHDC2-203ENST00000371522 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 TFAP2A-213ENST00000482890 2071 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 SLC39A9-209ENST00000556605 2065 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 AC068987.4-201ENST00000562343 2094 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 USP2-201ENST00000260187 3732 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 HAGLR-202ENST00000416928 4235 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 CDH16-202ENST00000394055 2821 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 DLGAP1-204ENST00000400149 5203 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 LRRC20-204ENST00000373224 3095 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 C1orf43-206ENST00000368521 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 CENPBD1-201ENST00000314994 2744 ntAPPRIS P1 BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 CIART-203ENST00000369095 1433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 COG5-202ENST00000347053 4532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
LIG3P49916 AGBL2-205ENST00000528244 2929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 YTHDF3-205ENST00000539294 5163 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 MARC1-201ENST00000366910 7439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 TTC38-201ENST00000381031 2610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 RASGEF1C-202ENST00000393371 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 DLX3-201ENST00000434704 2602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 CTBP1-AS-201ENST00000625256 3886 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 TRMT2B-203ENST00000372939 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 AC138969.2-201ENST00000532739 9932 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 GRN-201ENST00000053867 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 KIF3A-201ENST00000378735 3266 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 HEY1-201ENST00000337919 2296 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 SPATA21-201ENST00000335496 2015 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 TMEM63B-202ENST00000323267 3198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 BCS1L-203ENST00000392110 1525 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 PHF2-203ENST00000610682 2921 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 ACSL1-201ENST00000281455 3832 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 SSR4-204ENST00000370087 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 PPDPF-201ENST00000370177 627 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 ABHD11-AS1-201ENST00000427153 662 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 AC099754.1-201ENST00000435884 454 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 TMEM14B-212ENST00000475942 992 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 MTX3-202ENST00000512528 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 PUDP-206ENST00000540122 825 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 C12orf10-204ENST00000548632 988 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 RAB11B-202ENST00000594216 894 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 AC093813.1-201ENST00000605066 256 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 LINC01515-215ENST00000608678 854 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 APOBEC3H-206ENST00000613677 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 AL160035.1-201ENST00000637583 576 ntTSL 4 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 SH2D3C-201ENST00000314830 3124 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 MAGEA2-204ENST00000611674 1728 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 ABCG2-201ENST00000237612 4479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 AC026992.2-202ENST00000565312 1934 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 STAT4-202ENST00000392320 2822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 IFITM10-201ENST00000340134 3706 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 AC023090.2-201ENST00000625182 2110 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 INTS11-204ENST00000421495 1868 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 MROH2A-201ENST00000389758 5355 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 AMBP-201ENST00000265132 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 RRAGD-201ENST00000359203 4042 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 NME7-201ENST00000367811 1642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 BRINP1-202ENST00000373964 1641 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 CAND2-201ENST00000295989 4429 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 RIPOR3-202ENST00000327979 4377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 ZNF143-213ENST00000530463 2022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 KDM2B-202ENST00000377071 4595 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
LIG3P49916 AC004846.1-201ENST00000554614 3050 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 LAP3-201ENST00000226299 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 AP1G2-201ENST00000308724 3298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 AAR2-201ENST00000320849 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 SORCS2-201ENST00000329016 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 AC084364.1-201ENST00000551967 1556 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 HNRNPR-204ENST00000427764 1788 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 CCDC90B-213ENST00000529611 1986 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 AC040174.1-201ENST00000563003 2571 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 ZC2HC1C-202ENST00000439583 1509 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 SELENOV-201ENST00000335426 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 SELENOV-205ENST00000622070 1704 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LIG3P49916 KIF1A-201ENST00000320389 8832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64 ms