Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 MEX3C-204ENST00000616921 3269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 LTF-202ENST00000417439 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 UNKL-204ENST00000389221 5116 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 MYBPHL-201ENST00000357155 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 INPP5K-201ENST00000320345 2880 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 OBSCN-AS1-201ENST00000295012 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 CSAG1-203ENST00000370291 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 AL357373.1-201ENST00000394974 322 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 AL390778.2-201ENST00000420883 886 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 AL606748.1-201ENST00000423919 655 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 GCSHP3-201ENST00000431120 391 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 C17orf58-202ENST00000449250 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 MUTYH-231ENST00000488731 740 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 TMEM126A-203ENST00000528105 656 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 FTLP5-201ENST00000586853 534 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 AP000322.3-201ENST00000608665 388 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 AC091769.1-201ENST00000619576 568 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 AC002044.2-201ENST00000624910 970 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 LGALS12-204ENST00000415491 1816 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 DHRS4-AS1-204ENST00000555045 1848 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 PPM1L-201ENST00000295839 1449 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 AC097359.2-201ENST00000604992 2389 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 NOMO3-201ENST00000263012 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 ARHGEF1-219ENST00000599846 3393 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 CIART-201ENST00000290363 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 PRPF18-202ENST00000378572 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 RHOG-201ENST00000351018 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 HTR3E-203ENST00000425359 1326 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 DPEP2-202ENST00000393847 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 PAQR6-204ENST00000356983 2143 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 PIDD1-202ENST00000411829 2886 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 NICN1-201ENST00000273598 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 CCL19-201ENST00000311925 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 CLCNKA-201ENST00000331433 2475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 STARD7-201ENST00000337288 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 NPPA-202ENST00000376480 855 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 AC092573.1-201ENST00000433054 884 ntBASIC21.45■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 AC092638.2-201ENST00000441105 947 ntBASIC21.45■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 ADM-203ENST00000525063 867 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 SERGEF-208ENST00000528200 1264 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 DUSP22-213ENST00000605035 1231 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 NPPA-203ENST00000610706 849 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 SLC12A5-219ENST00000628272 401 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.03
TCOF1Q13428 MCMBP-201ENST00000360003 4169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 GATA3-201ENST00000346208 2654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 GUCY1B2-205ENST00000532104 1912 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 CHI3L1-201ENST00000255409 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 STAT5A-211ENST00000590949 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 AC010931.2-202ENST00000514871 2566 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 PISD-209ENST00000439502 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 AC068760.1-201ENST00000493579 1953 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 FECH-202ENST00000382873 2526 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 NCK2-203ENST00000393349 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 SOCS2-212ENST00000622746 2881 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 MAP2K7-201ENST00000397979 3361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 PCDHB8-201ENST00000239444 2740 ntAPPRIS P1 BASIC21.45■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 CHIT1-201ENST00000255427 1598 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 AC117503.4-201ENST00000623229 1418 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 MIDN-201ENST00000300952 3790 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 CST5-201ENST00000304710 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 MT1H-201ENST00000332374 397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 PMF1-202ENST00000368277 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 EEF1B2-203ENST00000392222 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 FAM27E5-201ENST00000426869 682 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 DARS-AS1-204ENST00000444406 442 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 AC004837.1-201ENST00000446267 564 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 RPP40-203ENST00000464646 1042 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 FRMD4A-204ENST00000475141 1233 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 NDRG1-209ENST00000518176 888 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 ZNF879-202ENST00000519896 543 ntTSL 4 BASIC21.45■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 HERC2P11-201ENST00000562845 725 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 AC100756.2-201ENST00000569537 736 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 DBP-202ENST00000593500 712 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 RPL13A-213ENST00000621674 1098 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 ARHGEF18-201ENST00000319670 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 ATAT1-206ENST00000376485 1476 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 IQCJ-201ENST00000397832 1460 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 ILK-201ENST00000299421 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 VIPAS39-208ENST00000556412 1832 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 SLC2A11-203ENST00000345044 3219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 TNFRSF1A-202ENST00000366159 1339 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 PDXDC2P-206ENST00000534700 1315 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 RRM1-214ENST00000534285 2075 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 CD8A-203ENST00000409511 3048 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 ZBED8-202ENST00000523213 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 GRK5-202ENST00000392870 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 ARHGAP4-202ENST00000370016 3095 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 ASIC4-202ENST00000358078 2741 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 ATL2-210ENST00000452935 2199 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 PSME2-201ENST00000216802 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 GSTM4-204ENST00000369836 1412 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 SLC47A1-206ENST00000571335 1415 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 ALDOA-204ENST00000412304 1603 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 GUCD1-206ENST00000435822 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 LIF-202ENST00000403987 592 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 RANGRF-202ENST00000407006 1074 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.5 ms