Protein–RNA interactions for Protein: Q12946

FOXF1, Forkhead box protein F1, humanhuman

Predictions only

Length 379 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
FOXF1Q12946 CYP1B1-AS1-221ENST00000627172 995 ntTSL 5 BASIC13.29□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 AC099795.1-202ENST00000640492 759 ntTSL 5 BASIC13.29□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 DFNA5-201ENST00000342947 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 SLC1A6-201ENST00000221742 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 FOXRED2-201ENST00000216187 3933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 RBBP4-204ENST00000414241 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 EBP-205ENST00000495186 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 AP4M1-201ENST00000359593 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 AP4M1-206ENST00000429084 1836 ntTSL 5 BASIC13.29□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 PDYN-AS1-201ENST00000446562 1802 ntTSL 2 BASIC13.29□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 ZFYVE28-201ENST00000290974 4131 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 SPN-201ENST00000360121 6894 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 LCMT1-203ENST00000399069 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 SIPA1-203ENST00000527525 3235 ntTSL 2 BASIC13.29□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 ZFP64-201ENST00000216923 3264 ntTSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 FBXL12-201ENST00000247977 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 SNAP47-203ENST00000366760 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.29□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 RPL13-204ENST00000452368 1455 ntTSL 2 BASIC13.29□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 AC013472.1-203ENST00000380387 1966 ntTSL 4 BASIC13.29□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 TTLL10-AS1-201ENST00000379317 3532 ntTSL 2 BASIC13.29□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 USP38-202ENST00000510377 4135 ntTSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 MAPK7-202ENST00000308406 3149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 NFATC4-221ENST00000555453 3169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 POU2F2-207ENST00000529067 2657 ntTSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 PCDHGB5-202ENST00000621169 2670 ntAPPRIS ALT2 BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 REM1-201ENST00000201979 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 AL358216.1-201ENST00000451601 1657 ntTSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 TDRD12-202ENST00000444215 3934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 BCL10-201ENST00000370580 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 CRLS1-201ENST00000378863 3958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 GJD2-201ENST00000290374 2889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 PLEKHN1-203ENST00000379410 2404 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 AKR1A1-202ENST00000372070 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 GAD2-201ENST00000259271 2462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 ZBED8-202ENST00000523213 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 TMEM132E-203ENST00000631683 4379 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 AKIP1-202ENST00000309357 1232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 MBD3L5-201ENST00000329753 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 AL365277.1-206ENST00000417869 487 ntTSL 3 BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 LINC01665-201ENST00000422917 1241 ntTSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 AL365277.1-204ENST00000450157 599 ntTSL 3 BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 AL365277.1-203ENST00000458207 693 ntTSL 3 BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 PAX5-211ENST00000522003 1019 ntTSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 IGHVIII-5-2-201ENST00000522505 261 ntBASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 CD74-212ENST00000524315 584 ntTSL 5 BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 DPF3-210ENST00000556509 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 NIP7-208ENST00000569637 1099 ntTSL 2 BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 AC008403.1-201ENST00000595676 443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 AC008537.4-201ENST00000595728 1103 ntTSL 5 BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 KLK11-210ENST00000600362 759 ntTSL 3 BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 CR381653.1-201ENST00000622961 812 ntTSL 3 BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 FP565260.5-201ENST00000623188 479 ntTSL 3 BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 AC114737.3-201ENST00000636708 570 ntTSL 4 BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 LDHA-203ENST00000379412 1922 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 STRADA-243ENST00000640086 1925 ntTSL 5 BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 PDE9A-208ENST00000398225 1963 ntTSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 UROD-201ENST00000246337 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 LINC00327-203ENST00000576696 1308 ntTSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 CA12-202ENST00000344366 2744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 GSN-209ENST00000449733 2702 ntTSL 2 BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 RANBP1-208ENST00000430524 1389 ntTSL 3 BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 B9D1-209ENST00000477478 1353 ntTSL 3 BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 TCL1A-203ENST00000554012 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 SLC4A9-203ENST00000506545 2838 ntTSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 METTL6-201ENST00000383789 1413 ntTSL 2 BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 NDNF-201ENST00000379692 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 RHOH-220ENST00000615083 2156 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 CEP76-201ENST00000262127 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 HTR7-203ENST00000371719 3033 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 MKRN3-201ENST00000314520 2337 ntAPPRIS P1 BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 FAM8A1-201ENST00000259963 4677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 DDX17-202ENST00000396821 4791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 CYB561-219ENST00000584031 3200 ntTSL 2 BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 GDI2-203ENST00000380191 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 MAGIX-208ENST00000616266 3295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 COMP-201ENST00000222271 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 MBD4-201ENST00000249910 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 PCOLCE-201ENST00000223061 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 PLTP-203ENST00000372431 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 RCHY1-202ENST00000380840 1735 ntTSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 GPSM1-202ENST00000354753 3533 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.27□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 RN7SL832P-201ENST00000607781 1756 ntBASIC13.27□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 CXCL12-201ENST00000343575 1857 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 HOXB4-201ENST00000332503 3757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 ARMCX6-208ENST00000539247 1928 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC13.27□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 AC011498.7-201ENST00000624986 2027 ntBASIC13.27□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 PPM1F-201ENST00000263212 5143 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 CDKL3-206ENST00000521118 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.27□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 AC026748.1-201ENST00000624349 3251 ntBASIC13.27□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 LINC00839-202ENST00000429940 2253 ntTSL 2 BASIC13.27□□□□□ -0.28
FOXF1Q12946 AC007388.1-204ENST00000449569 2517 ntTSL 2 BASIC13.27□□□□□ -0.29
FOXF1Q12946 RPF1-202ENST00000370656 724 ntTSL 2 BASIC13.27□□□□□ -0.29
FOXF1Q12946 RPL14-202ENST00000396203 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.29
FOXF1Q12946 BRWD1P1-201ENST00000401091 371 ntBASIC13.27□□□□□ -0.29
FOXF1Q12946 P3H2-AS1-201ENST00000412203 730 ntTSL 5 BASIC13.27□□□□□ -0.29
FOXF1Q12946 LINC00116-202ENST00000426713 461 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.27□□□□□ -0.29
FOXF1Q12946 LINC01762-204ENST00000434879 436 ntTSL 2 BASIC13.27□□□□□ -0.29
FOXF1Q12946 AL645933.1-201ENST00000440087 609 ntBASIC13.27□□□□□ -0.29
FOXF1Q12946 USE1-202ENST00000445667 795 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.27□□□□□ -0.29
FOXF1Q12946 KLF2P1-201ENST00000447438 1042 ntBASIC13.27□□□□□ -0.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.6 ms