Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 PRCP-201ENST00000313010 3090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 RET-202ENST00000355710 5659 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 LINC02346-201ENST00000383019 1967 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 FBXO46-201ENST00000317683 3001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 KLHDC7A-201ENST00000400664 5145 ntAPPRIS P1 BASIC16.02■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 RBM6-201ENST00000266022 3750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 MLXIPL-204ENST00000414749 3224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 IKBKG-208ENST00000611176 1654 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 TCN2-202ENST00000405742 1936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 PAPD7-207ENST00000631941 1902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 CALN1-201ENST00000329008 9243 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 TMED5-202ENST00000370282 6104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 ZFP82-201ENST00000392161 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 MFSD11-211ENST00000588460 3612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 RMDN1-201ENST00000406452 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 SUCO-204ENST00000608151 5790 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 SFMBT1-201ENST00000394752 4548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 NEK10-206ENST00000429845 4250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 HOXA3-201ENST00000317201 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 ZNF100-201ENST00000305570 2283 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 CHRNA3-201ENST00000326828 3202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 MEAF6-203ENST00000373074 2005 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 HCFC1-201ENST00000310441 8869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 PTPRU-205ENST00000460170 5337 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 RNF41-202ENST00000394013 2452 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 ABCC6P1-201ENST00000546162 2943 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 KCNMA1-262ENST00000639489 4302 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 FOXM1-203ENST00000361953 3370 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 CSRP1-201ENST00000340006 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 MRPL2-201ENST00000230413 899 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 LCN15-201ENST00000316144 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 AC092183.1-201ENST00000469884 875 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 PRSS30P-204ENST00000489864 650 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 AC093525.1-201ENST00000569317 596 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 SNAI3-AS1-206ENST00000569786 588 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 AIPL1-204ENST00000570466 1196 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 AC140912.1-201ENST00000577171 1054 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 MIR5189-201ENST00000577370 114 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 AC006538.3-201ENST00000612495 578 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 ARID1B-222ENST00000637003 1290 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 LINC01114-203ENST00000425879 2434 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 METTL13-203ENST00000367737 2865 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 KLF11-205ENST00000535335 4033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 TOMM40L-201ENST00000367987 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 FGF1-201ENST00000337706 1469 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 FGFR1OP-201ENST00000349556 1484 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 KIF6-203ENST00000394362 2394 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 NR4A1-202ENST00000360284 2589 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 OGFOD1-209ENST00000568397 1681 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 AC022400.6-201ENST00000603027 5818 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 CPA5-205ENST00000466363 2099 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 AHCYL2-202ENST00000446544 5026 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 FAM120C-201ENST00000328235 3716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 AUTS2-217ENST00000611706 4583 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 SLC2A11-223ENST00000611880 3264 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 E2F3-201ENST00000346618 4749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 RAB40A-201ENST00000304236 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 ZDHHC11-209ENST00000511539 1303 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 PALD1-201ENST00000263563 4555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 SUMO1-203ENST00000392246 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 COL4A2-AS2-201ENST00000458403 1522 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 RCOR1-201ENST00000262241 5754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 AL365209.1-201ENST00000624418 6473 ntBASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 ERICH6-201ENST00000295910 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 PER2-201ENST00000254657 6385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 YBEY-202ENST00000339195 890 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 WDR54-201ENST00000348227 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 RPF1-202ENST00000370656 724 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 TCEAL3-202ENST00000372627 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 XAGE1A-203ENST00000375602 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 XAGE1B-203ENST00000375616 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 YBEY-203ENST00000397691 764 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 AC004945.1-201ENST00000416738 983 ntBASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 C9orf116-205ENST00000429260 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 TMEM191A-209ENST00000452055 788 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 MAATS1-203ENST00000463700 939 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 DNAJC19-208ENST00000486355 828 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 PTP4A1P2-201ENST00000546033 454 ntBASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 AC125603.2-201ENST00000546835 876 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 AC013451.1-201ENST00000554552 518 ntTSL 4 BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 ERCC1-212ENST00000591636 836 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 TUBB6-213ENST00000591909 1017 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 BAP1-211ENST00000615113 489 ntBASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 AC132938.4-201ENST00000623835 848 ntBASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 TRIM41-201ENST00000315073 3637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 RNF150-201ENST00000306799 4535 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 BORCS8-202ENST00000462790 1429 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 PCCB-215ENST00000482086 1436 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 AGFG1-204ENST00000409315 2912 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 FBXO34-201ENST00000313833 3464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 ST20-AS1-201ENST00000560255 4223 ntBASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 DNER-201ENST00000341772 3260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 ABTB2-201ENST00000435224 4902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 ALPL-207ENST00000540617 2131 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 IRF2BP2-201ENST00000366609 4663 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 FAM180B-201ENST00000538490 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 ABAT-215ENST00000569156 1911 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 PLCB3-202ENST00000325234 3946 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 APOF-201ENST00000398189 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMA1Q9UHB6 PAX7-202ENST00000400661 1700 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 87.8 ms