Protein–RNA interactions for Protein: P51532

SMARCA4, Transcription activator BRG1, humanhuman

Predictions only

Length 1,647 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA4P51532 C4orf19-201ENST00000284437 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 UBXN11-204ENST00000374217 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 MLST8-201ENST00000301724 1735 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 AC068946.1-202ENST00000318673 2745 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 NOTO-201ENST00000398468 2749 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 SQLE-201ENST00000265896 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 EIF4ENIF1-202ENST00000344710 3115 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 NIPA2-204ENST00000398014 3130 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 AC060234.2-201ENST00000428825 1610 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 EFHC1-212ENST00000635984 3293 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 TBC1D3P2-201ENST00000339120 1513 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 HTD2-205ENST00000477305 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 AL591242.1-201ENST00000422284 343 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 RPSAP12-201ENST00000435879 888 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 HOXC-AS3-203ENST00000514702 368 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 AC004801.1-201ENST00000549557 360 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 MIR4254-201ENST00000581063 76 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 INSC-205ENST00000525218 1576 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 ERP29-202ENST00000455836 1333 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 TMED7-TICAM2-201ENST00000282382 3491 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 ZNF213-206ENST00000574902 3208 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 AZGP1-202ENST00000411734 2027 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 RASAL3-201ENST00000343625 3293 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 RBBP4-204ENST00000414241 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 AC007950.2-201ENST00000615045 2347 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 AJ011931.1-201ENST00000618749 2492 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 SWAP70-202ENST00000447399 3538 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 AC068760.1-201ENST00000493579 1953 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 SYNGR1-204ENST00000381535 1295 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 FDPSP7-201ENST00000429043 1054 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 LINC00399-201ENST00000439008 414 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 ATF7-205ENST00000548446 1892 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 CLCN2-202ENST00000344937 3187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 AC011498.7-201ENST00000624986 2027 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 IZUMO1-201ENST00000332955 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 ALOX12B-201ENST00000319144 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 LONRF3-203ENST00000422289 2898 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 C16orf45-202ENST00000452191 1865 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 TPPP3-205ENST00000564104 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 CLTCL1-212ENST00000622493 1714 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 TRIP10-210ENST00000600428 2249 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 AQP7-202ENST00000377425 1068 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 U73169.1-201ENST00000395152 367 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 ATRAID-202ENST00000405489 1059 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 RPL10-203ENST00000406022 748 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 BUD23-204ENST00000423497 1219 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 CD44-224ENST00000526669 870 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 RPL18-205ENST00000549273 1036 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 LINC01490-202ENST00000551399 1260 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 PHF23-213ENST00000613632 850 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 KCNIP1-210ENST00000636734 1613 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 MRPS17-201ENST00000285298 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 ARL8B-201ENST00000256496 3005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 PPARG-205ENST00000397010 2017 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 SVOPL-202ENST00000419765 1523 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 EFNB3-201ENST00000226091 3222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 SFXN4-201ENST00000355697 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 GLIPR1L2-201ENST00000320460 1729 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 CHTOP-201ENST00000368686 2250 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 ANXA6-211ENST00000521512 1793 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 ZNF382-202ENST00000423582 2657 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 LHX3-203ENST00000619587 2698 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 RUSC1-202ENST00000368347 2503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA4P51532 GAPDH-204ENST00000396859 1256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCA4P51532 AL161733.1-201ENST00000421067 462 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCA4P51532 RPL18AP16-201ENST00000424057 531 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCA4P51532 AC078785.1-204ENST00000460707 764 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCA4P51532 HNRNPA1P56-201ENST00000505767 954 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCA4P51532 AC023389.1-201ENST00000577846 576 ntTSL 4 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCA4P51532 ZNF571-AS1-204ENST00000587121 822 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCA4P51532 EPM2A-201ENST00000367519 3465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCA4P51532 CYP1B1-AS1-201ENST00000413828 1781 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCA4P51532 FLAD1-201ENST00000292180 2160 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCA4P51532 LINC02395-201ENST00000546821 3157 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCA4P51532 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCA4P51532 IDH2-201ENST00000330062 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCA4P51532 RHOC-207ENST00000369638 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCA4P51532 WFDC5-202ENST00000372789 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCA4P51532 PGK1P2-201ENST00000431702 1214 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCA4P51532 TMEM222-203ENST00000464813 1071 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCA4P51532 AC091304.3-201ENST00000566500 716 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCA4P51532 FAM192A-218ENST00000567439 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCA4P51532 KF455155.1-201ENST00000604493 303 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCA4P51532 AC026120.2-201ENST00000617239 309 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCA4P51532 DAGLB-204ENST00000436575 2385 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCA4P51532 AL139158.3-201ENST00000641212 1562 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCA4P51532 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCA4P51532 CNPPD1-202ENST00000409789 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCA4P51532 SPOCK3-226ENST00000541354 2797 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCA4P51532 HYAL1-202ENST00000320295 2324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCA4P51532 HGSNAT-207ENST00000521576 2332 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCA4P51532 KCNQ2-207ENST00000370224 3004 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCA4P51532 BARX1-AS1-201ENST00000453045 1445 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCA4P51532 MAPK12-203ENST00000395780 1459 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCA4P51532 KEAP1-201ENST00000171111 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCA4P51532 NPHP3-AS1-201ENST00000489343 2957 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCA4P51532 ZNF460-202ENST00000537645 2037 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCA4P51532 DHRS7C-201ENST00000330255 1006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCA4P51532 SKA1-202ENST00000398452 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.1 ms