Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 ZMYND15-204ENST00000573751 2409 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIG3P49916 DAAM2-201ENST00000274867 6194 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIG3P49916 GPR4-201ENST00000323040 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIG3P49916 SAMD4B-201ENST00000314471 4519 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIG3P49916 CHRD-206ENST00000450923 3384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIG3P49916 PTPN23-201ENST00000265562 5244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIG3P49916 KIAA0319-201ENST00000378214 6802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIG3P49916 LINC00668-205ENST00000581571 1748 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIG3P49916 MAPRE2-201ENST00000300249 4265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIG3P49916 GPC3-202ENST00000394299 2379 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIG3P49916 ATE1-201ENST00000224652 4930 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
LIG3P49916 DRD2-201ENST00000346454 2433 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 PLXNB3-209ENST00000538966 6377 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 FBP1-203ENST00000415431 1487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 ARHGEF7-214ENST00000478679 1833 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 DENND3-211ENST00000519811 5482 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 FURIN-206ENST00000610579 4191 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 CASC2-202ENST00000426021 3232 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 LHX6-210ENST00000559895 3587 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 SLC2A4-202ENST00000424875 1852 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 GPRASP1-205ENST00000537097 5980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 MED15-203ENST00000382974 2235 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 PEX5L-215ENST00000485199 2992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 AC008770.3-201ENST00000590798 1562 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 CYB561-202ENST00000392975 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 LINC01107-201ENST00000446979 1975 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 MIOX-201ENST00000216075 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 GYPC-201ENST00000259254 1246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 PHLDA2-201ENST00000314222 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 FANK1-204ENST00000368695 1296 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 AC093423.3-201ENST00000370453 654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 C1orf210-201ENST00000423420 629 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 AC020915.1-202ENST00000427361 922 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 GIMAP3P-201ENST00000495150 836 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 SERF1A-205ENST00000507348 663 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 ZNF7-206ENST00000528130 1134 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 NEU3-203ENST00000529024 581 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 AL359711.2-201ENST00000563105 872 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 ZNF83-215ENST00000600714 810 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 GNRHR2-204ENST00000604273 1078 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 LCN8-205ENST00000612714 638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 SPIN2A-203ENST00000614076 966 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 EBAG9-209ENST00000614147 1179 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 NDUFB1-207ENST00000617122 417 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 AC244517.11-204ENST00000624424 760 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 KISS1-202ENST00000625357 435 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 KCNAB2-219ENST00000602612 2396 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 PYROXD2-201ENST00000370575 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 INTS4P2-202ENST00000614726 2019 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 ATXN2L-215ENST00000564304 3514 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 CCDC43-203ENST00000588210 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 MLXIPL-201ENST00000313375 3278 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 ZFP36L2-201ENST00000282388 3696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 MTMR6-201ENST00000381801 5659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 HAP1-204ENST00000393939 5683 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 SLC1A1-201ENST00000262352 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 EIF4A1-201ENST00000293831 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 CES1-203ENST00000422046 2178 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 CHMP7-201ENST00000313219 3367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 PCDH10-203ENST00000618019 4574 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 COL6A1-201ENST00000361866 4238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 XKRX-202ENST00000468904 2249 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 PRCP-201ENST00000313010 3090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 CRELD1-202ENST00000383811 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 CUX2-201ENST00000261726 6844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 RAB38-201ENST00000243662 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 AC020915.1-201ENST00000413518 1469 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LIG3P49916 FZD6-206ENST00000523739 2774 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
LIG3P49916 CCDC186-202ENST00000369286 1928 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
LIG3P49916 FAM153B-220ENST00000515817 1966 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
LIG3P49916 ZFP90-209ENST00000570495 4636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
LIG3P49916 SLC35C2-201ENST00000243896 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
LIG3P49916 ZNF683-201ENST00000349618 1610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
LIG3P49916 TRIM13-201ENST00000356017 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
LIG3P49916 AC060234.2-201ENST00000428825 1610 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
LIG3P49916 NR3C1-209ENST00000503201 2594 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
LIG3P49916 TRPM1-203ENST00000542188 6004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
LIG3P49916 FAM219A-207ENST00000379089 3624 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
LIG3P49916 FUT8-202ENST00000358307 2664 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
LIG3P49916 USH1C-201ENST00000005226 2700 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
LIG3P49916 MRPL53-201ENST00000258105 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
LIG3P49916 AL157935.1-209ENST00000415141 1105 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
LIG3P49916 AC068898.1-201ENST00000440750 335 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
LIG3P49916 LYPLAL1-AS1-201ENST00000441331 724 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
LIG3P49916 HOXB3-204ENST00000465120 943 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
LIG3P49916 GLI4-203ENST00000517468 963 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
LIG3P49916 LYSMD2-204ENST00000560491 1026 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
LIG3P49916 TRAPPC2L-206ENST00000564365 1060 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
LIG3P49916 AC005544.2-201ENST00000579138 229 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
LIG3P49916 GRIA3-205ENST00000611689 936 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
LIG3P49916 ANKMY1-208ENST00000405002 3304 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
LIG3P49916 CPNE5-201ENST00000244751 3897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
LIG3P49916 FES-202ENST00000394300 2302 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
LIG3P49916 AC127383.1-201ENST00000444697 1800 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
LIG3P49916 DNAJA1-201ENST00000330899 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
LIG3P49916 DMBT1P1-203ENST00000636837 4628 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
LIG3P49916 XPNPEP1-201ENST00000322238 2467 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
LIG3P49916 HPCAL1-202ENST00000381765 1904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
LIG3P49916 ARHGAP36-201ENST00000276211 3083 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
LIG3P49916 CAP1-203ENST00000372797 3105 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.2 ms