Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
LIMA1Q9UHB6 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.58
LIMA1Q9UHB6 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC24.88■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.1 ms