Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CCDC3Q9BQI4 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 73.5 ms