Protein–RNA interactions for Protein: Q96QK1

VPS35, Vacuolar protein sorting-associated protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS35Q96QK1 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VPS35Q96QK1 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.7 ms