Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.23
VPS39Q96JC1 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.1 ms